Title: Памятка о порядке выполнения курсовых работ
Author: aba
Last saved by: Georgii Bazykin
Company: msu

Тьютор (Ф.И.О.)      Базыкин Георгий Александрович                                                                                 .   
                                                    При необходимости, укажите также супервайзера и/или других руководителей 
  gbazykin@iitp.ru        http://www.iitp.ru/ru/users/116.htm                                                                              .   

Тема курсовой работы  для ____1_____ студентов ___1-3_____курсов ФББ МГУ        
                                           Число приглашаемых студентов 

Анализ действия положительного отбора на дуплицированные гены 

Характер работы (уточните; например: бионженерия; культуры клеток; анализ генома человека; программирование) 
‮ экспериментальная ____________________________________________________________________
‮ биоинформатика     _____программирование (скорее всего, на Perl)____________________________
‮ литературный обзор ________ага_________________________________________________________

Аннотация,  литература для введения в проблематику   
Основной способ возникновения новой функции в эволюции – дупликации генов. После дупликации гены часто эволюционируют быстрее, приобретая новую функцию. Эволюционный механизм, ускоряющий эволюцию генов, называется положительный естественный отбор. Поиск генов, эволюционировавших под действием положительного отбора, мог бы помочь выяснить, чем именно полезным мы отличаемся от, скажем, шимпанзе. Ранее мы научились искать отбор неким нетривиальным способом (1, 2). Работа будет заключаться в адаптации метода к поиску отбора в дуплицированных генах.

Работа будет включать сравнительный анализ последовательностей геномов разных видов и выявление эволюционных параметров. Будет много писания скриптов на Perl и использования биоинформатических ресурсов. Требуется способность мыслить логически.

Литература:
1.	Bazykin et al. 2004 Positive selection at sites of multiple amino acid replacements since rat-mouse divergence. Nature 429(6991):558
2.	Bazykin et al. 2006 Bursts of nonsynonymous substitutions in HIV-1 evolution reveal instances of positive selection at conservative protein sites. PNAS 103(51): 19396-19401