Title: Памятка о порядке выполнения курсовых работ
Author: aba
Last saved by: Vassily Lyubetsky
Company: msu

Тема курсовой работы  для 1- 2 студентов 1- 4 курсов ФББ МГУ        
                                            
Тьютор профессор/зав. лабораторией Любецкий Василий Александрович 

Институт проблем передачи информации РАН.
                                                                                                                                                                   
куратор из НИИ ФХБ или ФББ  внс В.В. Алешин.
как связаться: e-mail lyubetsk@iitp.ru, lyubetsk@mail.ru                                                                                                                                             		тел. 8-9104646917.
                                                                                                                                                                              .                         Тема работы: Модель классической аттенюаторной регуляции у бактерий

Характер работы (уточните; например: бионженерия; культуры клеток; анализ генома человека; программирование) 
‮ экспериментальная нет
‮ биоинформатика  в основном
‮ литературный отчасти обзор
Аннотация,  литература для введения в проблематику   
Регуляция экспрессии генов, в частности, означает включение и выключение транскрипции групп генов и относится к основным механизмам жизнедеятельности. Известно несколько механизмов регуляции, один из них - классическая аттенюаторная регуляция. Нами разработаны модель, компьютерная программа и сервер, которые служат для поиска методами биоинформатики участков генома, связанных с этой регуляцией, и также – для вычисления зависимости экспрессии генов и, в конечном счете, активности соответствующих ферментов от регулируемой концентрации аминокислоты, см. http://lab6.iitp.ru/rnamodel. Эта модель широко тестирована для триптофана, концентрация которого в клетке у многих видов бактерий регулируется с помощью аттенюации. Задача в том, чтобы для других аминокислот, концентрация которых регулируется аналогичным образом, проверить, дополнить и расширить эту модель, провести с ее помощью массовый анализ этой регуляции у бактерий. А также - более тщательно учесть влияние инициации как транскрипции, так и трансляции. Предполагается прочесть статьи и работать с готовой компьютерной программой; или подбирать данные в соответствующих базах и анализировать результаты счета для них; или вносить изменения в модель и программу. Конкретное содержание работы будет зависеть от того, с какого курса студент, какова его подготовка и от его выбора. 
В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, С.А. Пирогов. Model of gene expression regulation in bacteria via formation of RNA secondary structures, Молекулярная биология, т. 40, № 3, 2006, с. 497 - 511.
Lyubetsky V., Pirogov S., Rubanov L., Seliverstov A. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria, 2007, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 5, no 1.

Тема курсовой работы  для 1- 2 студентов 1- 4 курсов ФББ МГУ        
                                            
Тьютор профессор/зав. лабораторией Любецкий Василий Александрович 

Институт проблем передачи информации РАН.
                                                                                                                                                                   
куратор из НИИ ФХБ или ФББ  внс В.В. Алешин.
как связаться: e-mail lyubetsk@iitp.ru, lyubetsk@mail.ru                                                                                                                                             		тел. 8-9104646917.
                                                                                                                                                                              .                         Тема работы: Вычисление энергии РНКовой структуры

Характер работы (уточните; например: бионженерия; культуры клеток; анализ генома человека; программирование) 
 экспериментальная нет
 биоинформатика  в основном
 литературный отчасти обзор
Аннотация,  литература для введения в проблематику   
Формирование одной из нескольких альтернативных вторичных структур РНК – фундаментальный механизм функционирования бактериальной клетки, в нем принимают участие молекулы, стабилизирующие вторичную структуру, играет роль и третичная структура. Часто функционально значимой является структура, возникающая за столь малое время, что не приходится говорить о ее равновесном характере. Значимость структуры обычно определяется по величине энергии. Многие программы находят вторичные структуры с энергией близкой к минимально возможной, т.е. находят структуры близкие к равновесным. Правильное вычисление энергии структуры, существующей короткое время, – особенно трудная задача. Хотя проблема вычисления энергии структуры (особенно равновесной) исследуется давно и многими авторами, она, по-видимому, далеко не имеет окончательного решения в общей ситуации. Задача состоит в анализе экспериментального материала, разработки модели и программы, сравнение существующих программ, в том числе, предложенной нами, с целью адекватного вычисления энергии вторичной структуры с учетом дополнительных факторов. Студент может заняться одной из перечисленных частей этой задачи.
Литература – та же, что указана выше.