Title: Памятка о порядке выполнения курсовых работ
Author: aba
Last saved by: Vassily Lyubetsky
Company: msu

Тема курсовой работы  для 1- 2 студентов 1- 4 курсов ФББ МГУ        
                                            
Тьютор профессор/зав. лабораторией Любецкий Василий Александрович 

Институт проблем передачи информации РАН.
                                                                                                                                                                   
куратор из НИИ ФХБ или ФББ  внс В.В. Алешин.
как связаться: e-mail lyubetsk@iitp.ru, lyubetsk@mail.ru                                                                                                                                             		тел. 8-9104646917.
                                                                                                                                                                              .                         Тема работы: Модели эволюции регуляторного сигнала, белкового семейства, видов

Характер работы (уточните; например: бионженерия; культуры клеток; анализ генома человека; программирование) 
‮ экспериментальная нет
‮ биоинформатика  в основном
‮ литературный отчасти обзор
Аннотация,  литература для введения в проблематику   
Эволюция белковых семейств и видов широко изучается, с этой целью разработаны многочисленные программные средства, построены деревья видов и деревья белков, реконструированы эволюционные события молекулярного уровня. Эта более традиционная тематика разрабатывается в нашей лаборатории и здесь можно продолжить исследования, в частности, на основе нашей программы построения супердерева и определения событий возникновения, горизонтального переноса генов. 
В этих рамках нами, в частности, строится дерево Metazoa (животных), и в этом можно принять участие.
Напротив, эволюция регуляторных сигналов практически не изучалась до недавнего времени. Нами разработаны модели эволюции регуляторного сигнала: белок-ДНКового или такого, у которого механизм существенно зависит от вторичной структуры соответствующей РНК. Модели компьютерно реализованы и тестировалась на ряде сигналов (например, для сайтов связывания белков-регуляторов NrdR, MntR и LacI-семейства). Задача в том, чтобы тестировать первую модель на других сигналах, для этого собирая данные из литературы и баз данных по белковому семейству фактора транскрипции и по сайтам связывания белка-регулятора и внося уточнения в модель и компьютерную программу. Другая задача – уточнить, расширить и тестировать вторую модель, связанную с образованием терминатора или секвестора. Работа может касаться отдельных частей всего проекта, например, включать программирование или нет, ограничиваясь работой с уже готовой компьютерной программой.
V. Lyubetsky, K. Gorbunov, L. Rusin, V. V’yugin, Algorithms to reconstruct evolutionary events at molecular level and infer species phylogeny. An article in the book: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Springer Science & Business Media, Inc. 2005, p. 189-204.
Русин Л.Ю., Рубанов Л.И., Любецкий В.А. «Данные для построения эволюционного дерева высших Metazoa» Информационные процессы, том 7, № 3. с. 199-213.
Горбунов К.Ю., Любецкий В.А. «Эволюция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции» Молекулярная биология, 2007, том 41, №5, с. 918-925.
Любецкий В.А., Жижина Е.А., Горбунов К.Ю., Селиверстов А.В. «Модель эволюции нуклеотидной последовательности» Труды конференции «Математические методы распознавания образов», 2007, с. 605-609.