Title: Памятка о порядке выполнения курсовых работ
Author: aba
Last saved by: Vassily Lyubetsky
Company: msu

Тема курсовой работы  для 1- 2 студентов 1- 4 курсов ФББ МГУ        
                                            
Тьютор профессор/зав. лабораторией Любецкий Василий Александрович 

Институт проблем передачи информации РАН.
                                                                                                                                                                   
куратор из НИИ ФХБ или ФББ  внс В.В. Алешин.
как связаться: e-mail lyubetsk@iitp.ru, lyubetsk@mail.ru                                                                                                                                             		тел. 8-9104646917.
                                                                                                                                                                              .                         Тема работы: Регуляторные структуры у пластид растений и водорослей

Характер работы (уточните; например: бионженерия; культуры клеток; анализ генома человека; программирование) 
‮ экспериментальная нет
‮ биоинформатика  в основном
‮ литературный отчасти обзор
Аннотация,  литература для введения в проблематику   
Сейчас доступны полные геномы пластид (в частности, хлоропластов) 120 видов растений и водорослей. Известны несколько полных ядерных геномов растений и водорослей, а также полные геномы нуклеоморфов у Guillardia theta и Bigelowiella natans. Несмотря на длительное исследование хлоропластных белков мало известно о регуляции их экспрессии, хотя экспериментальные данные подтверждают значительное разнообразие регуляторных механизмов и их быструю эволюцию в этом случае. Белки хлоропластов чрезвычайно консервативны, но есть основания полагать, что некоторые регуляторные структуры возникли у общего предка семейства крестоцветных или у предка  таксономической группы eurosids II (крестоцветные, апельсин, хлопок и т.д.). Непосредственный перенос  данных об Arabidopsis thaliana на большинство других видов невозможен. 
Это делает важным исследование 5'-лидерных областей генов у пластид. Тогда можно будет понять механизмы регуляции процессов, во-первых, ограничивающих развитие растений, во-вторых, тесно связанных с дифференцировкой тканей и возможностью вегетативного размножения. Кроме того, поскольку регуляция связана с белками, кодируемыми в ядре, исследования регуляторных структур у пластид позволяют судить об эволюции ядерного генома. Возможно, удастся предсказать роль некоторых белков, кодируемых в нуклеоморфе у криптофитовых водорослей.
Нами найдены протяженные консервативные участки, образующие структуры РНК, перед генами хлоропластов, и предположено их регуляторное значение, их тесная связь со сплайсингом (задержка начала трансляции до завершения сплайсинга). Также проведено исследование эволюции промоторов перед некоторыми генами. Например, показана быстрая эволюция промоторов перед геном ndhF. Задача –изучить статьи и распространить результаты как на другие гены пластид, так и на вновь секвенируемые виды. Студент может заняться какой-то частью этой задачи.
Seliverstov A.V., Lyubetsky V.A., Translation regulation of intron containing genes in chloroplasts, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006, p. 783-793.
Seliverstov A.V., Lysenko E.A., Lyubetsky V.A. Rapid evolution of promoters for plastome gene ndhF, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2007 (in print).
Селиверстов А.В., Зверков О.А., Любецкий В.А. Регуляция трансляции в хлоропластах ряда генов, связанных со сплайсингом и редактированием, 2007, Биофизика (в печати).