Title: Предлагаемая тема: Филогенетический анализ неорганических пирофосфатаз семейства II
Author: alex
Company: msu

Темы курсовых работ для студентов 1-2 курса по биоинформатике.
Работы преполагают анализ геномов и банков последовательностей и сравнени белковых последовательностей

Контакты: проф. Байков Александр Андреевич, отдел химии белка НИИ им. Белозерского, лаб. 622. тт. 8-916-582-6901, 939-5541

Тема 1: Структурный анализ экзополифосфатазы/фактора метастазирования h-prune

Белок h-prune человека является фактором метастазирования раковых опухолей. В небольших количествах он присутствует и в здоровом организме, но при раковых заболеваниях его количество резко возрастает. Метастатическое действие h-prune объясняется его способностью связывать и нейтрализовывать антиметастатический белок nm23-H1. h-prune принадлежит к DHH-семейству белков, для которого характерно наличие мотива AspHisHis. Трехмерная структура h-prune неизвестна, но известно, что она образована тремя доменами. В 2008 г. мы обнаружили, что h-prune проявляет активность экзополифосфатазы, т.е. способен последовательно отщеплять концевой фосфат от линейных неорганических полифосфатов, которые выполняют важную регуляторную роль в клетке. Белок h-prune – единственная известная экзополифосфатаза животных. Есть основания считать ферментативную и метастатическую активности h-prune тесно связанными. К DHH-семейству принадлежат также пирофосфатаза и экзополифосфатаза бактерий. Их трехмерные структуры известны и похожи, но в них отсутствует С-концевой домен h-prune (примерно 100 остатков), который отвечает за взаимодействие h-prune с nm23-H1. 

Что планируется сделать:
Поиск и анализ первичной структуры гомологов h-prune, с акцентом на С-концевой домен. 
Поиск в нем элементов, обеспечивающих взаимодействие с nm23-H1. Предсказание третичной структуры С-концевого домена и белка в целом.

Литература:
Human metastasis regulator protein h-prune is a short-chain exopolyphosphatase.
Biochemistry, 47, 9707-9713.