Биоинформатика
  Семестры Студенты Преподаватели
   



Семестр 2:
Сравнение биологических текстов на примере сравнения аминокислотных последовательностей

Семинарские и практические занятия по средам для групп 101 и 102




Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей.
  14. ( 11 февр.) (2 час)
    Банки данных белковых последовательностей или первая прогулка в Интернете по «золотым» адресам (АБР)
Студенты знакомятся с базами данных - Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt, а также делают первую попытку что-нибудь в них найти.
[задания]
[ключевые слова] [материалы] [презентация]
 
15. (18 февр.) (2 час)
    Искусство поиска или SRS (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, как правильно построить запрос в системе SRS, студенты учатся работать с логическими операциями и создают первую пробную выборку а.к. последовательностей.
[задания]
[ключевые слова] [презентация]
 
16. (25 февр.) (2 час)
    Эволюция белков. Что такое выравнивание и «цена гэпа»? (АБР)
Преподаватели рассказывают о путях эволюции а.к. последовательностей, студенты узнают, что такое выравнивание, и пытаются вручную выравнять заданные последовательности.
[задания] [ключевые слова] [материалы] [презентация]
 
17. (3 марта) (2 час)
    Эволюция белков. Матрицы замен аминокислотных остатков (АБР)
Преподаватели рассказывают, что такое Blocks, Blosum и PAM, а студенты пытаются создать свои матрицы замен. ...
[задания]
[ключевые слова] [презентация]
 
[правила зачета за занятия первого блока]

 

Блок 2: Алгоритмы попарного выравнивания

  18. ( 10 марта) (2 час)
    UNIX! Полезный инструмент - пакет прикладных программ EMBOSS (АВГ)
Преподаватели рассказывают про основы UNIX. Студенты осваивают базовый набор команд для работы в UNIX и изучают программы из пакета EMBOSS для доступа к аминокислотным последовательностям.
[задания]
[материалы] [презентация]
 
19. (17 марта) (2 час)
    Чем локальное выравнивание отличается от глобального (ПСН)
Преподаватели рассказывают об алгоритме построения глобального выравнивания Нидельмана-Вунша (Needleman-Wunsch) и об алгоритме построения локального выравнивания Смита-Ватермана (Smith-Waterman).
 
20. (24 марта) (2 час)
    Парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS (ПСН)
Преподаватели рассказывают про программы построения парных выравниваний и их параметры. Студенты работают с этими программами и анализируют полученные результаты.
[задания]
[материалы]
 
21. (31 марта) (2 час)
    BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии(ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, что такое BLAST, и учат студентов работать с BLASTP.
[задания]
 
22. (7 апр.) (2 час)
    Зачетное занятие
Студенты демонстрируют свое умение выравнивать последовательности.
 
[правила оформления html-страниц для получение зачета за второй блок]

 

Блок 3: Семейства белков. Профили и паттерны.

  23. (14 апреля) (2 час)
    Что такое множественное выравнивание? (ПСН)
Преподаватели рассказывают про алгоритм работы глобального множественного выравнивания Clustal. Студенты строят множественные выравнивания, раскрашивают их с помощью Genedoc, анализируют расположение консервативных и диагностических позиций на трехмерной структуре с помощью Rasmol.
[задания]
 
24. (21 апреля) (2 час)
    Профили и паттерны. (ПСН)
Преподаватели объясняют, чем профили отличаются от паттернов. Студенты строят паттерны для учатков своего множественного выравнивания, а затем используют их для поиска родственных белков.
[задания]
 
25. (28 апреля) (2 час)
    Базы данных, описывающие белковые семейства. (АБР)
Студенты знакомятся с базами данных Pfam, PROSITE , InterPro и описывают свойства последовательности своего белка.
[задания]
[презентация]
 
26. (5 мая) (2 час)
    PSI-BLAST (ПСН)
Преподаватели рассказывают про инструмент для быстрого поиска "далеких" гомологов - PSI-BLAST. Студенты ищут гомологов с помощью BLASTP и PSI-BLAST, сравнивают возможности двух инструментов.
[задания]
 
27. (12 мая) (2 час)
    Первое знакомство с деревьями (AБР)
Студенты знакомятся с 2-мя алгоритмами построения деревьев - UPGMA, NJ.
[задания]
[презентация]


Требования к оформлению итогового отчета за второй семестр
Правила сдачи итогового зачета
Содержание итогового зачета