Занятие 9. Аннотация участка бактериального генома.

1. В файле /home/export/samba/public/tmp/yb.fasta находятся последовательности, представляющие собой неаннотированные фрагменты генома бактерии Yersinia bercovieri. Создайте в своей директории файл, содержащий указанный участок указанного фрагмента .
2. Извлеките из вашего фрагмента генома Y. bercovieri трансляции всех открытых рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов. При этом используйте стандартный для бактерий (bacterial) генетический код, открытой рамкой считайте последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном. Создайте файл, включающий все указанные трансляции в fasta-формате.
3. Создайте в своей директории индексные файлы BLAST для всех последовательностей из SwissProt из бактерий таксона Enterobacteriales (к которому относится и Y. bercovieri).
4. Создайте книгу Excel, включающую информацию обо всех открытых рамках считывания в вашем фрагменте генома. Для каждой рамки должно быть указано: начало во фрагменте, конец во фрагменте, направление (прямое или обратное), число сходных последовательностей, найденных программой BLASTP среди последовательностей Enterobacteriales из SwissProt при условии E-value < 0,01. Приведите в отчете скрипт, с помощью которого Вы получили данные о числе сходных последовательностей. Изобразите схематически положение предполагаемых генов (открытых рамок, имеющих гомологов) на фрагменте. Образец:

                                       3550--->3970
   
     26--------->1080      2500<-----------3600
      ___________________________________________
   

5. * Если в полученном наборе предполагаемых генов имеются аномалии (перекрывания генов), постарайтесь их объяснить. Предложите наиболее правдоподобную, по вашему мнению, структуру генов на данном участке генома.