При наборе длинного полного имени файла легко ошибиться (если Вы ошиблись и ввели какой-нибудь параметр неверно, то лучше прервать выполнение программы, нажав <Ctrl+C>). Ответ на вопрос программы fasta34 — это не командная строка, тут не действует подсказка клавишей <Tab>, нельзя подставлять переменные и пользоваться в именах файлов символом *; набранное Вами при ответе на вопрос нигде, кроме самой программы, не сохраняется, поэтому при повторном запуске придется не исправлять опечатку, а набирать все заново.
В связи со всем этим рекомендуется воспользоваться предоставляемой программой fasta34 возможностью набрать часть параметров в командной строке, а именно:
fasta34 query.fasta db.fasta 6(где вместо query.fasta должно стоять имя файла с пробной последовательностью, а вместо db.fasta — имя файла с банком). На остальные вопросы придется все же ответить. (Впрочем, почитав manual пакета Fasta, можно выяснить, как задать все параметры в командной строке так, чтобы программа не задавала вопросов). Если Вы допускаете ошибку, можно вызвать клавишей <↑> предыдущую командную строку и отредактировать её.
Постарайтесь добиться, чтобы программа выдала краткую информацию
обо всех находках с E-value < 0,01 (и, возможно, нескольких ещё),
а также одно (лучшее) выравнивание.
Запустите megablast без параметров, чтобы получить подсказку — список параметров программы. Вам понадобятся параметры: -d (базовое имя индексных файлов), -i (входной файл), -o (выходной файл), возможно также -e, -F, -D; а также знание значения параметра -W по умолчанию.
Если Вы стерли индексные файлы, то для быстрого их восстановления
можно воспользоваться журналом команд. Журнал команд вызывается командой
history. Команду номер 217 из журнала можно вызвать, набрав в
командной строке !217 и нажав <Enter>.