1) простейшего способа оценки расстояния как доли несовпадающих нуклеотидов;Для этого нужно
2) оценки расстояния по методу Джукса Кантора.
1) посчитать"истинные" попарные эволюционные расстояния, заложенные в Вашу модель;Рекомендуемая последовательность Ваших действий:
2) определить соответствующие попарные расстояния с помощью программы distmat пакета EMBOSS;
2) построить и исследовать график зависимости попарных эволюционных расстояний, определенных разными способами, от "истинных" расстояний.
Seq_name1 | Seq_name2 | Seq_name3 | ….. | |
Seq_name1 | 0 | 85 | 40 | |
Seq_name2 | 0 | 15 | ||
Seq_name3 | 0 | |||
…… |
См. подсказку.
Используйте программу distmat пакета EMBOSS, выбрав соответствующий
пункт меню.
Полученную матрицу также перенесите на первый лист рабочей книги и назовите
"Матрица
попарных эволюционных расстояний, вычисленных по методу
Джукса Кантора".
Имя пары | Истинное расстояние |
A_A | 0 |
A_AВ | 35 |
A_C | 78 |
Имя пары | "Истинное расстояние" | D | Jukes – Cantor | |
А_А | 0 | 0 | 0 | 0 |
А_AB | 35 | 35 | 33 | 34 |
А_B | 78 | 78 | 50 | 67 |