Занятие 3. Структура РНК

В директории Term3 создайте поддиректорию Practice3. Создайте файл analisys.doc, в который вы будете заносить результаты Вашего анализа.

Основная цель задания — провести анализ шпильки РНК, участвующей в метаболизме железа.

  1. Скопируйте в рабочую директорию с диска Р файл 1aqo_1.pdb (в нем содержится один из вариантов структуры, приведенных в PDB-записи 1AQO). На основании третичной структуры определите, какая из стандартных форм ДНК более сходна с анализируемой структурой (приведите объяснения). Найдите двухспиральные участки в структуре (укажите диапазон в последовательности). Найдите петли и выпетливания (укажите диапазон или номера в последовательности). На основании полученных данных создайте таблицу, описывающую вторичную структуру РНК.

    Пример:

    Элемент Диапазон
    Спираль 1 1–5, 15–20
    Петля 1 7–10
    Выпетливание 1 12

    Изобразите вторичную структуру РНК (в Word). Пример: 

       U U
 U     U
  G--C
  |    A 
  G--C
 5'   3'
  2. Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные последовательности в НК. Найдите возможные двухспиральные участки в последовательности исследуемой РНК. Сравните результаты с найденными Вами в 1-ом задании. Опишите в analisys.doc результаты сравнения, приведите объяснение различий.
     
  3. Используя алгоритм Зукера, реализованный в программе mfold, постройте предполагаемые вторичные структуры исследуемой РНК. Найдите структуры с максимальным значением свободной энергии образования, при этом допустимое колебание энергии положите равным 15%. Сравните результаты с найденными Вами в 1-ом и 2-ом задании.

    В файл отчёта надо внести графические изображения вторичных структур, предложенных mfold.

См. подсказки.