Занятие 7. Программы пакета BLAST

Создайте директорию BLAST для работы на этом и следующем занятиях. В ней создайте файл отчета otchot.doc.

1. На компьютере kodomo (и kodomo-count) в директории /home/export/samba/public/tmp лежат 3 файла:
   • vc_genome.fasta включает последовательности из EMBL, составляющие полный геном холерного вибриона (Vibrio cholerae);
   • pa_genome.fasta — полный геном синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa);
   • pm_genome.fasta — полный геном бактерии Pasteurella multocida.
   Создайте в своей рабочей директории индексные файлы пакета BLAST для поиска по одному из геномов.
    
2. Посредством программы TBLASTN найдите ближайшего гомолога своего белка в соответствующем геноме. Занесите в отчет: AC соответствующей записи EMBL, координаты выравнивания(-ий) в записи, аннотирован ли соответствующий CDS в записи и если да, то каковы его координаты и каков AC соответствующего белка в UniProt; кроме того, отметьте E-value этой находки и предлагает ли BLAST другие гомологи с E-value < 0,01.
    
3. Создайте в своей директории индексные файлы BLAST для поиска по всем трем геномам сразу. Запустите TBLASTN по трем геномам. Отметьте в отчете, как изменился E-value находки из предыдущего пункта, а также сколько всего имеется находок с E-value < 0,01.
    
4. Скопируйте в свою рабочую директорию fasta-файл с гéном своего белка (см. предыдущее занятие). Поищите гомологов этого гена в трёх геномах программой BLASTN. Опишите результаты в протоколе.