Данные для упражнения 5

Вариант 1

Выборка состоит из 3-х частей:
  1. белки семейства глобинов, PF00042, из заданных Вам таксонов;
  2. глобины человека — Q8WWM9, P09105, P02008, P69905, P68871, P02042, P02100, P69891, P69892, Q9NPG2;
  3. как внешнюю группу (outgroup) — P02144, P02202, Q9DGJ1.

Первую (и только первую) часть выборки надо отфильтровать. Во-первых, не надо брать фрагменты (менее 90 а.о). Во-вторых, если в выборке окажутся белки из 2-х подвидов одного вида, выбирайте один подвид, в котором больше белков данного семейства.


   
Студент
Таксоны
1
 И1 Андреева Мария   Felidae, Galliformes
2
 И1 Байрамукова   Bovinae , Accipitrinae
3
 И1 Бархатов   Mustelidae Testudines
4
 И1 Борщёв   Mus musculus, Crocodylidae
5
 И1 Долудин   Metatheria, Neobatrachia
6
 И1 Ким   Afrotheria, Elasmobranchii
7
 И3 Шпильман   Strepsirhini, Anguilliformes
8
 И1 Михайлова   Cricetidae, Xenopus
9
 И1 Рыбина   Lagomorpha , Anatidae
10 И2 Андреева Маргарита   Pinnipedia, Anatidae
11 И2 Армаш   Ursidae, Nototheniidae
12 И2 Бабаян   Canidae, Lepidosauria
13 И2 Бородянская   Camelidae, Anatidae
14 И2 Бурлин   Caprinae, Caudata
15 И2 Волкова   Microchiroptera, Salmonidae
16 И2 Кононова   Callitrichidae, Danio rerio
17 И2 Лукьянова   Elasmobranchii, Tetraodontidae
18 И2 Низамутдинов   Elasmobranchii, Cyprinus carpio
19 И2 Сухорукова   Strepsirhini, Callitrichidae
20 И2 Фастовец   Crocodylidae, Xenopus
21 И2 Хишов   Rattus norvegicus, Metatheria
22 И2 Юминова   Callitrichidae, Callitrichidae
23 И3 Кривошей   Afrotheria, Crocodylidae
24 И3 Кулагин   Mus musculus, Ursidae
25 И3 Лукьянов   Lepidosauria, Galliformes
26 И3 Минеева   Bovinae, Camelidae
27 И3 Панкеев   Caprinae, Bovinae
28 И3 Снегирёв   Caudata, Xenopus
29 И3 Таций   Lagomorpha, Mus musculus
30 И3 Шустрова   Felidae, Canidae
31 И3 Яковлев   Metatheria, Microchiroptera

Вариант 2

Выборка состоит из 3-х частей:
  1. белки семейства MIP, PF00230, из заданных Вам таксонов;
  2. все белки семейства MIP, PF00230, из архей;
  3. как внешнюю группу (outgroup) — Q65YQ3_CHICK, Q5W916_BOMMO, AQP3_HUMAN.
Первую (и только первую) часть выборки надо отфильтровать.
Внимание! Из разных штаммов одного вида бактерий надо выбрать один штамм, в котором больше всего белков данного семейства.
Не надо брать фрагменты (менее 200 а.о).

    Студент Таксоны
1 И1 Глотова   Lactobacillales, Actinobacteridae
2 И1 Закирзянова   Lactobacillales, Alphaproteobacteria
3 И1 Коростелёв   Lactobacillales, Betaproteobacteria
4 И1 Кривозубов   Lactobacillales, Burkholderiales
5 И1 Лохматиков   Lactobacillales, Mycoplasmataceae
6 И1 Любецкая   Lactobacillales, Pasteurellaceae, Escherichia
7 И1 Решетов   Lactobacillales, Pseudomonadaceae
8 И1 Сахарова   Lactobacillales, Rhizobiales
9 И2 Бурков   Lactobacillales, Vibrionaceae
10 И2 Диброва   Bacillales, Actinobacteridae
11 И2 Трушкин   Bacillales, Alphaproteobacteria
12 И2 Фадеев   Bacillales, Betaproteobacteria
13 И3 Галкин   Bacillales, Burkholderiales
14 И3 Карпусь   Bacillales, Mycoplasmataceae
15 И3 Тихонов   Bacillales, Rhizobiales
16 И3 Хайруллина   Bacillales, Pseudomonadaceae
17 И3 Храмеева   Bacillales, Pasteurellaceae, Escherichia
18 И3 Шагам   Bacillales, Vibrionaceae