Занятие 1. Банк SwissProt

 
     

 

Ваша рабочая директория — H:\Term2\Practices\Practice1; протокол можно вести в форматах doc или html.

  1. Извлеките из БД SwissProt документ, содержащий информацию о Вашем белке (см. указания).
  2. Внимательно изучите полученный документ и заполните таблицу:

     

    Метка поля

    Содержание

    Код доступа ("Accession number")    
    Идентификатор последовательности в БД    
    Название (краткое описание) белка    
    Дата создания документа    
    Дата последнего исправления аннотации    
    Название организма    
    Полное название таксона    
    Длина последовательности    
    Молекулярная масса белка    
    Число публикаций, использованных при создании документа    
    Название журнала с самой свежей публикацией    
    Описание вторичной структуры   Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит
    Что содержит поле комментариев?   Не копируйте, а перечислите все темы!
    Какие особенности последовательности указаны?   Не копируйте, а перечислите все особенности!
    Идентификаторы записей PDB    

     

  3. Определите, сколько документов в БД UniProt содержит белки с тем же кратким описанием (DE), что и Ваш белок (см. указания), результаты опишите в виде таблицы:

     Запрос Число документов
    в SwissProt
    Число документов
    в TrEMBL