Занятие 2. Банк EMBL

 
     

 

В директории Term3 создайте поддиректорию Practice2, а в ней — файл отчета.
Отчет можно представить в виде документа WORD (practice2.doc), но *лучше в виде HTML-странички (можно скопировать страничку с заданием, а затем добавить или изменить текст).

  1. Сравнение разных записей в EMBL

    2. В документе SwissProt, описывающем ваш белок, найдите все ссылки на банк EMBL.

    C помощью SRS получите информацию, необходимую для заполнения следующей таблицы, см. подсказки. Если записей окажется очень много, то можно ограничиться первыми десятью.

    Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    		 Дата создания
    документа
    Описание
    Длина последовательности
                 
                 
                 
                 

    Сравните характеристики разных записей в кратком резюме.

  2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

    3. На основании результатов упр.1. выберите 2 записи для дальнейшего изучения. (не рекомендуем выбирать полные геномы!). Получите эти записи EMBL и убедитесь, что в этих документах действительно содержатся описания последовательности, кодирующей Ваш белок. Изучите документы и заполните таблицу:

    Последовательности, кодирующие белок такой-то в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи    
    Начало гена в записи    
    Конец гена в записи    
    Направление гена    
    Примечания*    

    В графе "Направление гена" пишите "прямое" или "обратное" в зависимости от того, содержит ли запись EMBL последовательность той цепи ДНК, на которой расположен ген, или комплементарной ей.
    В графе "Примечания" приведите любую заинтересовавшую Вас информацию об исследуемом гене.

    Извлеките из полученных записей нуклеотидные последовательности, кодирующие ваш белок, в виде отдельных файлов. Сравните последовательности. Укажите в отчете процент различий; если последовательности совпадают не на 100%, приведите список различий (в виде таблички: позиция от начала кодирующей последовательности; нуклеотид в первом варианте; нуклеотид во втором варианте; позиция в кодоне: 1, 2 или 3; синонимична ли замена).

  3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома

    4. Изучите документ EMBL с идентификационным номером BA000025.

    • Схематично изобразите структуру транслируемых участков указанного гена (изобразите только первый и последний транслируемые участки). Если описание положения гена содержит особенности, то опишите их. Примеры:

      Ген на прямой цепи 

          --[100..300]--...--[600..900]--->
      Ген на комплементарной цепи 
          <-[100..300]--...--[600..900]----
    • Определите общее число экзонов в гене.
    • *Определите длину самого длинного и самого короткого интрона.
    • *Определите длину самого длинного и самого короткого экзона.

    При выполнении последних двух заданий в том случае, если число интронов (экзонов) больше трёх, следует использовать возможности Excel.
См. подсказки.