| |
|
|
Ваша задача — выбрать тРНК у кишечной палочки (Escherichia coli
K-12) и найти наиболее похожую на нее последовательность в родственном
геноме. В качестве "родственного" генома мы предлагаем вам геном
достаточно далекого организма – геном сенной палочки
(Bacillus subtilis),
см. P:/tmp/bs_genome.fasta
Внимание! В отчете нужно привести
все использованные команды в их окончательной версии!
- Определите, какая тРНК была использована рибосомой при присоединении
4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи Вашего белка
Определите, какой аминокислотный остаток находится в 4-ой позиции Вашего
белка. Определите соответствующий ему кодон в гене Вашего белка. Запишите
кодон в таблицу, при записи используйте 'U' и правило 5'→3'.
С помощью
таблицы стандартного генетического кода определите возможную
вырожденную позицию в данном кодоне. Выделите ее подчеркиванием. Запишите
последовательность "идеального" (т.е. полностью комплементарного)
антикодона, используя 'U' и правило 5'→3'. Подчеркните вырожденную
позицию.
Определите, сколько разных тРНК использует E.coli
для данного аминокислотного
остатка, см. подсказки.
Выберите из них ту тРНК, которая подходит в Вашем случае (проверьте и
кодон и антикодон).
Получите ее последовательность из записи EMBL, см. подсказки.
Таблица 1. Выбор т-РНК (шаблон отчета)
| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка
XXXX_ECOLI |
X |
| Соответствующий кодон в гене xxx |
5'-NNN-3' |
| Идеальный антикодон |
5'-NNN-3' |
| Сколько можно было бы ожидать разных тРНК
для остатка X, если опираться на генетический код? |
|
| Сколько разных тРНК для остатка X аннотировано
в геноме кишечной палочки? |
|
| Характеристика выбранной для дальнейшего изучения
тРНК: |
| имя гена |
|
| локализация гена в геноме |
|
| распознаваемый кодон |
|
| антикодон |
|
|
Результат поиска всех <например, аланиновых>
тРНК у Escherichia coli K-12
(преформатированный текст из файла с результатом
поиска)
|
- Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме
Ваша задача — найти в геноме Bacillus subtilis
(P:/tmp/bs_genome.fasta)
последовательность, наиболее похожую на последовательность
тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1.
Поиск надо провести с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска
сходных нуклеотидных последовательностей.
Таблица 2. Поиск гомологичной т-РНК (шаблон отчета)
| Программа |
FASTA |
BLASTN |
MegaBLAST |
discontiguous MegaBLAST |
| Длина якоря |
|
|
|
|
| Результаты поиска |
|
|
|
|
| Число находок с E-value < 0,01 |
|
|
|
|
| Характеристика лучшей находки: |
|
E-value
|
|
|
|
|
|
длина выравнивания
|
|
|
|
|
|
вес выравнивания
|
|
|
|
|
|
координаты в геноме
|
|
|
|
|
| Аннотация лучшей находки по записи EMBL: |
|
имя гена
|
|
|
|
|
|
это тРНК?
|
|
|
|
|
|
это тоже
<аланиновая>
тРНК?
|
|
|
|
|
В кратком резюме сравните эффективность разных программ.
См. подсказки.
- *Найти ошибки в тексте
В файле P:/y05/Term3/BLASTtext.doc содержится цитата из реальной научной
статьи. Студент, обнаруживший в тексте не менее 3-х ошибок, может написать
об этом преподавателям. Авторы первых 5 хороших писем смогут получить
до 3-х бонусных баллов
|
|