| |
|
|
Создайте в директории Term3 поддиректорию Practice7 и всю работу проводите в ней.
Заведите файл отчета analysis.doc (или analysis.html), не забудьте написать
заголовок отчета.
- С помощью программы fiber пакета 3DNA постройте A- и B-форму дуплекса ДНК,
последовательность одной из нитей которого — 4 раза повторенная
последовательность "gatc". Структуру дуплекса в А-форме сохраните в файле
gatc-a.pdb, а структуру дуплекса в В-форме сохраните в файле gatc-b.pdb.
- Откройте полученные файлы в RasMol.
Скопируйте в отчет следующую таблицу.
Изучите структуры и заполните два столбца таблицы.
| | A-форма | B-форма | Файл dnaN.pdb |
| Тип спирали (правая или левая) |
| | |
| Шаг спирали (Å) |
| | |
| Число оснований на виток |
| | |
| Ширина большой бороздки |
| | |
| Ширина малой бороздки |
| | |
При заполнении двух нижних строк указывайте, от фосфата какого нуклеотида
измерялась ширина бороздок.
- Найдите в таблице свой номер и скопируйте из
архива P:\y05\Term3\3DNA\DNAs.zip в свою рабочую директорию файл
dnaN.pdb, где N — ваш номер. Откройте этот файл в RasMol,
проанализируйте изображение и заполните последний столбец таблицы.
Изложите в отчете свои выводы.
- Проведите анализ всех трёх структур ДНК, используя программы find_pair
и analyze. В отчете приведите результаты сравнения
значений конформационно важных торсионых углов (α, β,
γ, δ, ε, ζ, χ).
(*) Какая информация, выданная программой analyze, показалась Вам
интересной (кратко напишите об этом в отчете)?
- Пользуясь программой pdb2img, получите изображения Ваших структур
в виде стопочных моделей.
Вы должны предоставить как вид сверху, так и вид сбоку.
Добавьте полученные изображения в отчет.
См. подсказки.
|
|