Занятие 7. A- и B-формы ДНК

 
     

Создайте в директории Term3 поддиректорию Practice7 и всю работу проводите в ней. Заведите файл отчета analysis.doc (или analysis.html), не забудьте написать заголовок отчета.

  1. С помощью программы fiber пакета 3DNA постройте A- и B-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого — 4 раза повторенная последовательность "gatc". Структуру дуплекса в А-форме сохраните в файле gatc-a.pdb, а структуру дуплекса в В-форме сохраните в файле gatc-b.pdb.
     
  2. Откройте полученные файлы в RasMol. Скопируйте в отчет следующую таблицу. Изучите структуры и заполните два столбца таблицы.
     A-формаB-формаФайл dnaN.pdb
    Тип спирали (правая или левая)    
    Шаг спирали (Å)    
    Число оснований на виток    
    Ширина большой бороздки    
    Ширина малой бороздки    
    При заполнении двух нижних строк указывайте, от фосфата какого нуклеотида измерялась ширина бороздок.
     
  3. Найдите в таблице свой номер и скопируйте из архива P:\y05\Term3\3DNA\DNAs.zip в свою рабочую директорию файл dnaN.pdb, где N — ваш номер. Откройте этот файл в RasMol, проанализируйте изображение и заполните последний столбец таблицы.

    Изложите в отчете свои выводы.
     

  4. Проведите анализ всех трёх структур ДНК, используя программы find_pair и analyze. В отчете приведите результаты сравнения значений конформационно важных торсионых углов (α, β, γ, δ, ε, ζ, χ).

    (*) Какая информация, выданная программой analyze, показалась Вам интересной (кратко напишите об этом в отчете)?
     

  5. Пользуясь программой pdb2img, получите изображения Ваших структур в виде стопочных моделей. Вы должны предоставить как вид сверху, так и вид сбоку. Добавьте полученные изображения в отчет.

См. подсказки.