| |
|
|
Создайте в директории Term3 поддиректорию Practice8 и всю работу проводите в ней.
Заведите файл отчета analysis.doc (или analysis.html), не забудьте написать
заголовок отчета. Найдите в таблице против своего имени
PDB-код, скачайте из банка соответствующий PDB-файл.
-
Укажите в отчете:
-
PDB-код, полученный Вами;
-
Структура какой тРНК и из какого организма описана в записи
PDB, каковы идентификаторы цепей тРНК, какие ещё макромолекулы имеются
в структуре.
Если в структуре имеется больше одной молекулы тРНК, выберите одну из них
(укажите ID цепи) и в дальнейшем работайте только с ней.
-
Вставьте в отчет последовательность тРНК.
Если в состав тРНК входят
модифицированные основания, приведите их названия. Укажите, как пронумерована
цепь РНК в PDB-записи (номера начального и конечного нуклеотидов),
если имеются пропуски в нумерации и/или вставки ("insertion codes"),
укажите их.
-
Проанализируйте структуру программой find_pair. Кратко опишите
полученный результат: сколько найдено спиралей,
какова длина каждой спирали. На последовательности
тРНК отметьте разными цветами участки, входящие в разные спирали.
-
Откройте структуру в RasMol. Создайте картинку в формате GIF, на которой
была бы изображена только ваша цепь тРНК в остовной модели,
найденные спирали покрашены в разные цвета, при атомах фосфора
5'-концевого и 3'-концевого нуклеотидов подписаны номера остатков.
Приведите в отчёте последовательность команд,
использованную для создания картинки.
Вставьте картинку в отчёт.
-
Пользуясь средствами RasMol, проанализируйте структуру. Приведите в
отчёте:
-
хотя бы один (если найдёте больше — то больше) пример внеспирального
стекинг-взаимодействия между основаниями;
-
хотя бы один (лучше больше) пример водородных связей между
основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию
комплементарных оснований;
Аргументированно объясните, на какую из форм ДНК похожи
спирали РНК.
-
Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные
последовательности в НК. Найдите возможные двуспиральные участки в
последовательности исследуемой РНК.
Сравните результаты с набором спиралей, найденных в 3D структуре.
Результаты сравнения и объяснение различий занесите в отчёт.
-
Проанализируйте последовательность тРНК программой
mfold. Постарайтесь создать предсказание вторичной структуры,
максимально близкое к реальности.
Вставьте в отчет соответствующую картинку и укажите,
с какими параметрами Вы запускали mfold, а также каким по счёту
оказалось лучшее предсказание.
См. подсказки.
|
|