Занятие 5. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Дополнительные упражнения

  1. Описание связей между терминами в онтологиях GO (1 балл)

    2. Откройте страничку GOA со списком всех терминов GO, ассоциированным с нужной записью UniProt, см. упр.2. .На страничке отметьте галочкой все термины и нажмите кнопку <View selected terms in context>. На открывшемся графе показаны связи между терминами. Рассмотрите граф, найдите пример конкретного термина, имеющего связи более, чем с 2-мя родительскими терминами. Найдите связи типа "is a" и "part of " . Опишите конкретный пример связи каждого типа, кратко объясните, почему эта связь отнесена к данному типу. В отчете проиллюстрируйте найденные примеры и их описание картинкой, отображающей фрагмент графа.

  2. Описание функции белка в БД EcoCyc (1 балл)

    3. Изучите описание функции Вашего белка в БД EcoCyc. Добавьте к таблице из упр.2 еще один столбец, назовите его "Данные EcoCyc". Информацию, на Ваш взгляд, существенно дополняющую аннотацию GO, внесите в соответствующие ячейки таблицы.

  3. Исследование качества аннотации группы белков в UniProt (2 балла)

    4. Определите, какие коды соответствуют экспериментальным, а какие чисто электронным (компьютерным) доказательствам функции, см. подробная расшифровка кодов. Определите долю "чисто компьютерных" аннотаций GO в UniProt для заданной группы белков. Задание не такое простое, как кажется! Запрос и описание дополнительных методов (если они, конечно, понадобятся) приводить обязательно!