| |
|
|
Дополнительные задания
- Повторите обязательное упражнение 1 задания 3, использовав jackknife
вместо bootstrap (опция "-test j" программы fseqboot).
Сравните результаты.
- Освойте программу fretree. Она запускается так: если скобочная формула,
описывающая дерево с 10 листьями, лежит в файле my.tree, то команда:
fretree 10 my.tre
приведет к появлению на экране картинки с деревом и предложения ввести
какую-нибудь из однобуквенных команд. Подайте на вход программе
дерево, реконструированное методом Neighbor-joining.
Разберитесь, как посредством fretree укоренить это дерево в среднюю точку,
и сделайте это. В отчете кратко опишите свои действия
- Создайте изображение переукорененного дерева из предыдущего
упражнения как филограммы (phenogram), ориентированной вправо.
Для этого воспользуйтесь программой fdrawgram. В отчёте, кроме изображения,
приведите список использованных опций программы, с обоснованием их выбора.
- Восстановите методом максимального правдоподобия (программой fdnamlk)
предковую последовательность для ваших
мутированных последовательностей и сравните её с реальной предковой
последовательностью. В отчете приведите использованные опции программы.
Отчёт по дополнительным заданиям сделайте в виде отдельного (от отчёта
по обязательным) файла, с отдельной гиперссылкой.
Дополнительные задания будут оцениваться по состоянию на вечер 10 марта.
|
|