Занятие 1. Работа с системой PubMed

Заведите на диске H директорию Term2, а в ней — поддиректорию Practice1.

В поддиректории Practice1 заведите файл протокола (в формате html или doc). У протокола должен быть читаемый заголовок (кто, что и когда делал).

Зайдите на сайт NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) и перейдите по гиперссылке "PubMed" (в левом верхнем углу, белыми буквами на чёрном фоне).

Обязательные задания

Срок выполнения: вечер дня накануне следующего занятия.

  1.  Найдите ссылки на статьи, в которых упоминается полное название Вашего белка. Приведите в протоколе это название и количество найденных статей.

    Если название состоит из нескольких слов, лучше взять их в кавычки. Обязательно отметьте в протоколе, брали Вы название в кавычки или нет.

     

  2.  Сохраните результаты поиска в виде текста в файл query1.txt

    Указание:  используйте меню "Send to", в котором выберите "File".

     

  3.  Из списка найденных статей выберите одну (укажите в протоколе, какую!). Сохраните её аннотацию ("Abstract") в текстовом формате в файл abstract.txt. Найдите ссылки на все публикации последнего автора этой статьи за последние 3 года. В протоколе укажите число статей; результаты поиска сохраните в виде текста в файл "query2.txt"

    Указания: 1) Чтобы найти публикации человека, который подписывает статьи как V.I.Pupkin, следует написать в строке запроса: 

    pupkin vi [Author]
    Чтобы самому не писать слово "Author" (и прочие названия полей), можно воспользоваться сервисом "Preview/Index" (крайне рекомендуется самостоятельно разобраться с тем, как этот сервис устроен!).
    2) Для ограничения поиска последними тремя годами воспользуйтесь сервисом "Limits".

     

  4.  Найдите ссылки на статьи об опоясывающем лишае (shingles). Отобразите результат поиска в виде последовательных аннотаций (abstracts). Сохраните первую страницу результатов в файл query3.txt. Отметьте в протоколе, как PubMed распознает "разговорное" название "shingles"?

    Указание: 1) Вид результата поиска — меню Display.
    2) Чтобы сохранить одну страницу в текстовом формате, выберите "Text" в меню "Send to".
    3) Чтобы увидеть, как распознаётся слово из запроса, воспользуйтесь кнопкой "Details".

     

После того, как сделаете все обязательные задания, оформите их на своей web-страничке. С основной страницы должна действовать гиперссылка "Term2" на страничку второго семестра. На этой страничке должна возникнуть гиперссылка "PubMed", ведущая на ("причёсанную") копию протокола данного занятия. В этой копии протокола должны в разумных местах иметься разумно оформленные гиперссылки на файлы query1.txt, abstract.txt, query2.txt и query3.txt.

Оформленная web-страничка должна быть понятна постороннему человеку, а не только Вам и преподавателям!

  Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.