Адрес web-интерфейса к BLAST на сервере NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/, далее в разделе Basic BLAST переходите по гиперссылке "protein BLAST". На странице запроса в разделе "Program Selection" отметьте PSI-BLAST. В разделе Choose Search Set выберите Swissprot.
В таблице найдите против своей фамилии AC, внесите его в нужное окошко и нажмите "BLAST".
Вам предлагается запустить 3 итерации PSI-BLAST (все — при параметрах по умолчанию) и проследить, что происходит со списком находок.
Первая таблица отчёта должна быть заполнена общей информацией об итерациях PSI-BLAST, вторая — информацией о том, что происходит со значениями E-value для конкретных записей Swiss-Prot при итерациях. Те записи, за характеристиками которых как находок вам предлагается следить, следующие: 1) тот белок, что был подан на вход; 2) любой белок из того организма, который указан в третьей колонке таблицы с заданиями (выберите после того, как отработает первая итерация).
Чтобы отличить белок из "своего" организма, воспользуйтесь мнемоникой идентификаторов Swiss-Prot:
| Белки из ... | имеют ID, оканчивающиеся на ... |
| Escherichia coli | ECOLI или ECO57 или ECOL6 |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Helicobacter pylori | HELPY или HELPJ |
| Heamophilus influenzae | HAEIN |
Рекомендуется обе таблицы заполнять синхронно (чтобы не гонять программу дважды с одними и теми же данными). Если число находок выше порога велико и с трудом подсчитывается "глазами", можно открыть в редакторе FAR временный файл и скопировать туда список — в окне редактора сверху справа можно будет увидеть число строк.