Занятие 2. Банк UniProt

Дополнительные задания

1. Просмотрите список записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка (см. обязательное задание 3). Выберите один белок (по возможности с наиболее похожим описанием, но из другого организма) и получите полный текст соответствующей записи. Заполните следующую таблицу, в левую колонку внеся сведения о вашем белке, а в правую — о выбранном Вами белке.

   	Метка поля	Белок 1	Белок 2
   Первый код доступа
   Идентификатор последовательности в БД
   Название (краткое описание) белка
   Дата создания документа
   Дата последнего исправления аннотации
   Название организма
   Классификация организма (список таксонов)
   Длина последовательности
   Молекулярная масса белка
   Число публикаций, использованных при создании документа
   Журнал и год самой поздней публикации
   Описание вторичной структуры Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит.
   Ключевые слова
   Темы, освещённые в комментариях
   Особенности последовательности Не копируйте, а перечислите, какие особенности отражены в документе!
   Идентификаторы записей PDB

     Опишите свои впечатления от сравнения двух записей.
    

2. Попробуйте понять, есть ли что-нибудь общее в последовательностях двух этих белков? Если есть, то что? Опишите в отчёте свои впечатления.
    
3. Пользуясь PubMed, сохраните в виде текстового файла аннотацию ("Abstract") одной из статей, на которую ссылается запись SwissProt, описывающая ваш белок. Прочитайте эту аннотацию. В отчёте перескажите своими словами, что Вы поняли из этой аннотации; если Вы поняли не всё (или не поняли ничего), напишите, какие именно слова и выражения Вам оказались непонятны.
    
4. (это задание не оценивается, но тем не менее рекомендуется его выполнить). Выведите на свой Desktop иконку программы Putty (если уже не сделали это в предыдущем семестре). Соединитесь с сервером kodomo-count.fbb.msu.ru (login и пароль — те же, что в компьютерном классе). В командной строке на сервере выполните команды:

    entret sw:P00000 -auto
   

   и

    wget http://www.expasy.ch/uniprot/P00000.txt
   

   (вместо "P00000" оба раза надо подставить первый AC какой-нибудь записи SwissProt). Убедитесь, что на вашем диске H появились новые файлы. Просмотрите их — они должны содержать полный текст соответствующей записи.

   Пояснение: программа entret входит в пакет биоинформатических программ EMBOSS, установленный на сервере kodomo-count. Эта программа позволяет добывать записи из местных копий банков (в данном случае SwissProt), без выхода в Интернет. Напротив, программа wget не имеет прямого отношения к биоинформатике; это универсальное средство добычи любых web-ресурсов. Бывают ситуации, когда пользоваться wget удобнее, чем браузерами. Эта программа установлена почти на любом компьютере под ОС Linux. Существуют и Windows-версии программы (см., например http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htm).