Материалы к практикуму 4

  1. Поиск нужной тРНК в записи EMBL

    2. Скопируйте из директории P:\tmp в свою рабочую директорию файл ecoli.embl.

    С помощью команды grep найдите в этой записи строчки, в которых одновременно, но не подряд, встречаются слово anticodon и трёхбуквенное обозначение нужной аминокислоты, перенаправьте вывод в файл. Окончательный вариант команды запишите в протокол.
    Указание: программа grep понимает спецсимволы . (точка; обозначает любой символ) и * (звездочка; означает, что предшествующий символ может встретиться в любом количестве).

    Выберите среди полученных строчек подходящую и найдите эту строку в файле ecoli.embl, открыв последний редактором и просмотрщиком. Определите координаты выбранной тРНК и получите ее последовательность в виде отдельного файла программой seqret.

    По окончании работы не забудьте удалить файл ecoli.embl.
     

  2. Поиск нужной тРНК в записи EMBL

    1. Поиск с помощью BLASTN

      2. Используем (как и на прошлом занятии) программу blastall. Работа с blastall предполагает наличие в рабочей директории индексных файлов для банка последовательностей, по которому проводится поиск. Как создать индексные файлы, см. в подсказках к предыдущему занятию. Можно воспользоваться тем, что bash запоминает набранные Вами командные строки, вызвать строку, которой Вы запускали программу formatdb, и заменить в ней название файла с геномом.

    2. Поиск с помощью MegaBLAST

      3. Оба алгоритма: обычный MegaBLAST и discontiguous MegaBLAST реализованы в одной программе megablast. Эта программа может использовать те же индексные файлы, что и blastall (т.е., программу formatdb повторно запускать не надо).

      Запустите megablast без параметров, чтобы получить подсказку — список параметров программы. Для обычного megablast'а Вам понадобятся параметры: -d (базовое имя индексных файлов), -i (входной файл), -o (выходной файл), возможно также -e, -F, -D; а также знание значения параметра -W (длина слова) по умолчанию; для запуска discontiguous MegaBLAST используйте параметры -t, -W, -N .

      Об указанных параметрах и их возможных значениях, а также об интерпретации выходного файла при значениях -D, отличных от 2, читайте в инструкции по запуску megablast.

    3. Поиск с помощью FastA

      4. Используем программу fasta35. Если набрать в командной строке 
      fasta35
      то программа сама задаст необходимые вопросы, а именно: об имени файла с пробной последовательностью, имени файла с банком для поиска, параметре ktup (оставьте его по умолчанию равным 6, это длина якоря), затем об имени выходного файла, количестве находок для вывода, и для скольких из них выдать также выравнивание (будьте внимательны, читайте вопросы, некоторые из них задаются "в два приема").

      При наборе длинного полного имени файла легко ошибиться (если Вы ошиблись и ввели какой-нибудь параметр неверно, то лучше прервать выполнение программы, нажав <Ctrl+C>). Ответ на вопрос программы fasta35 — это не командная строка, тут не действует подсказка клавишей <Tab>, нельзя подставлять переменные и пользоваться в именах файлов символом *; набранное Вами при ответе на вопрос нигде, кроме самой программы, не сохраняется, поэтому при повторном запуске придется не исправлять опечатку, а набирать все заново.

      В связи со всем этим (а также и с тем, что программа иногда "глючит", если запускать её без параметров) рекомендуется воспользоваться предоставляемой программой fasta35 возможностью набрать часть параметров в командной строке, а именно: 

      fasta35 query.fasta db.fasta 6
      (где вместо query.fasta должно стоять имя файла с пробной последовательностью, а вместо db.fasta — имя файла с банком). На остальные вопросы придется все же ответить.

      (Впрочем, почитав руководство к пакету Fasta, можно выяснить, как задать все параметры в командной строке так, чтобы программа не задавала вопросов).

      Если допущена опечатка, то можно вызвать клавишей < ↑ > предыдущую командную строку и отредактировать её.