Материалы к заданию 7

  
     

 

Измерение шага спирали

Изобразите шариками атомы какого-нибудь одного типа (P или C1* или ещё какого-нибудь...), поверните структуру так, чтобы она была видна "с торца" и оставьте в графическом окне только одну из двух цепей. Определив границы витка, измерьте а) расстояние между соответствующими атомами, б) число нуклеотидов, составляющих виток.

Измерение ширины большой и малой бороздок

Ширина бороздки определена для конкретного нуклеотида в достаточно регулярной структуре. Это расстояние от атома фосфора данного нуклеотида до некоторого фосфора комплементарной цепи — такого, что расстояние до соседних фосфоров несколько больше.

Помните, что большая бороздка не обязательно шире малой (но обязательно глубже). Где какая бороздка, разберитесь визуально.

Программы пакета 3DNA

Программа fiber не должна вызвать затруднений: выполните её с опцией -h, чтобы получить подсказку.

Программой find_pair можно пользоваться двояким образом. Во-первых, можно вывести её результаты в файл: 

 find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp
(здесь XXXX.pdb — PDB-файл, содержащий изучаемую структуру ДНК или РНК, XXXX.fp — имя нового файла, в который будет помещены результаты). Так можно делать, если Вам нужна только информация о том, какой нуклеотид комплементарен какому.

Во-вторых, можно перенаправить результат работы find_pair на вход программе analyze: 

 find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze
Программа analyze создаст много файлов, нужные Вам сведения будут содержаться в файле XXXX.out. В частности, информация о торсионных углах alpha, beta и т.д. находится в этом файле после заголовка "Main chain and chi torsion angles".

Чтобы выбрать необходимые параметры и опции программы pdb2img, запустите её с опцией -h и внимательно прочитайте выданную подсказку. Получившийся ps-файл можно непосредственно импортировать в документ Word. Чтобы вставить картинку в HTML-документ, придётся открыть ps-файл ассоциированной программой Ghost и конвертировать картинку в формат PNG или JPEG.

Чтобы повернуть молекулу, воспользуйтесь программой rotate_mol с опцией -b.

Желающие могут почитать подробное описание пакета 3DNA (в формате postscript). Оно содержит, кроме технической информации, ряд сведений о параметрах, характеризующих форму спирали ДНК.