Занятие 3. Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Создание индексных файлов для программ пакета BLAST

Создайте директорию BLAST для работы на этом и следующем занятиях. В ней создайте файл отчета report.doc или *report.html.

На компьютере kodomo (и kodomo-count) в директории /home/export/samba/public/tmp лежат 3 файла:

• st_genome.fasta включает последовательности из EMBL, составляющие полный геном сальмонеллы Salmonella typhimurium (возбудителя сальмонеллёза человека и мышиного тифа);
• xc_genome.fasta — полный геном возбудителя чёрной гнили капусты Xanthomonas campestris;
• pm_genome.fasta — полный геном бактерии Pasteurella multocida.
Создайте в своей рабочей директории индексные файлы пакета BLAST для поиска по заданному геному.
 

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Вы знаете аминокислотную последовательность Вашего белка из Escherichia coli K-12. Ваша задача — определить, не закодированы ли похожие белки в неаннотированном геноме другого организма.

Выберите подходящую для решения данной задачи программу из пакета BLAST (cм. подсказки) и проведите с ее помощью поиск с порогом на E-value 0,001.

По результатам поиска заполните таблицу.

Поиск гомологов XXX_ECOLI		Геном <такой-то бактерии>
Число находок с Е-value<0,001
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки
	AC соответствующей записи EMBL
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL
	Координаты CDS в записи EMBL (если они есть)
	AC UniProt в записи EMBL (если есть)

Аналогичный поиск сразу в нескольких геномах

Создайте в своей директории индексные файлы BLAST для поиска по всем трем геномам сразу. С помощью выбранной ранее программы проведите поиск по трем геномам. Отметьте в отчете, как изменился E-value той находки, которая была лучшей по результатам предыдущего упражнения, а также общее число находок с E-value < 0,001. Для этого добавьте к ранее созданной таблице 2 новые строки.

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

Скопируйте в свою рабочую директорию fasta-файл с гeном своего белка (см. предыдущее занятие). Поищите гомологов этого гена в трёх геномах программой BLASTN. Опишите результаты в протоколе: укажите E-value лучшей находки, приведите соответствующее выравнивание и аннотацию соответствующего фрагмента генома (если она, конечно, есть в записи EMBL). Сравните результаты с результатами предыдущего упражнения, ваши наблюдения изложите в отчёте.