Занятие 8. Структура тРНК

 
     

Создайте в директории Term3 поддиректорию Practice8 и всю работу проводите в ней. Заведите файл отчета analysis.doc (или analysis.html), не забудьте написать заголовок отчета. Найдите в таблице против своего имени PDB-код, скачайте из банка соответствующий PDB-файл.

  1.  Укажите в отчете:
    •  PDB-код, полученный Вами;
    •  Структура какой тРНК и из какого организма описана в записи PDB, каковы идентификаторы цепей тРНК, какие ещё макромолекулы имеются в структуре.
    Если в структуре имеется больше одной молекулы тРНК, выберите одну из них (укажите ID цепи) и в дальнейшем работайте только с ней.
     
  2.  Вставьте в отчет последовательность тРНК. Если в состав тРНК входят модифицированные основания, приведите их названия. Укажите, как пронумерована цепь РНК в PDB-записи (номера начального и конечного нуклеотидов), если имеются пропуски в нумерации и/или вставки ("insertion codes"), укажите их.
     
  3.  Проанализируйте структуру программой find_pair. Кратко опишите полученный результат: сколько найдено спиралей, какова длина каждой спирали. На последовательности тРНК отметьте разными цветами участки, входящие в разные спирали.
     
  4.  Откройте структуру в RasMol. Создайте картинку в формате GIF, на которой была бы изображена только ваша цепь тРНК в остовной модели, найденные спирали покрашены в разные цвета, при атомах фосфора 5'-концевого и 3'-концевого нуклеотидов подписаны номера остатков.

    Приведите в отчёте последовательность команд, использованную для создания картинки. Вставьте картинку в отчёт.
     

  5.  Пользуясь средствами RasMol, проанализируйте структуру. Приведите в отчёте:
    •  хотя бы один (если найдёте больше — то больше) пример внеспирального стекинг-взаимодействия между основаниями;
    •  хотя бы один (лучше больше) пример водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований;
    Аргументированно объясните, на какую из форм ДНК похожи спирали РНК.
     
  6.  Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные последовательности в НК. Найдите возможные двуспиральные участки в последовательности исследуемой РНК. Сравните результаты с набором спиралей, найденных в 3D структуре. Результаты сравнения и объяснение различий занесите в отчёт.
     
  7.  Проанализируйте последовательность тРНК программой mfold. Постарайтесь создать предсказание вторичной структуры, максимально близкое к реальности. Вставьте в отчет соответствующую картинку и укажите, с какими параметрами Вы запускали mfold, а также каким по счёту оказалось лучшее предсказание.

См. подсказки.