Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты
Посмотрите, как в тексте полученных структур названы нужные Вам атомы:
атомы остатка сахара, остатка фосфорной кислоты, атомы азотистых оснований.
Вспомните, как в программе RasMol можно задать нужное Вам множество
атомов (команда define). Вам придется также использовать
предопределенные
в RasMol множества атомов белковой молекулы polar и
hydrophobic.
Выполнив в RasMol скрипт P:\y05\Term3\dna.def, Вы сможете использовать
ещё три нужных Вам множества:
base — все атомы оснований ДНК
(эквивалентно dna and not backbone);
mjg — атомы оснований ДНК, обращённые в большую бороздку
("major groove");
mig — атомы оснований ДНК, обращённые в малую бороздку
("minor groove").
Наконец, Вам придется самим определить (к сожалению, в RasMol это
не встроено) множества полярных и неполярных атомов ДНК.
Полярными атомами будем считать все атомы кислорода и азота,
а неполярными — все атомы углерода. Тем самым нужные Вам множества определяются
так:
– полярные атомы 2'-дезоксирибозы: " *.O?* "
(азота в сахарах нет, а атомы кислорода обозначаются O3*, O4* etc.)
– полярные атомы остатков фосфорной кислоты: " *.O?P "
(это два атома кислорода: O1P и O2P)
– полярные атомы азотистых оснований, обращенные в большую (малую)
бороздку: "(oxygen,nitrogen) and mjg" (соответственно,
"(oxygen,nitrogen) and mig")
– неполярные атомы 2'-дезоксирибозы: " *.C?* "
(эквивалентно:
"dna and backbone and carbon", поскольку все атомы углерода остова ДНК
находятся в остатке сахара)
– неполярные атомы ... бороздки: "carbon and ...".
К определениям, использующим знак "?" (вроде " *.O?* ")
лучше всегда добавлять "and dna" поскольку в записи могут
содержаться лиганды с аналогичными названиями атомов.
С помощью команды
select within( <порог расстояния>, <множество>),
а также вспомнив логические операции над множествами, определите
количество атомов белка, образующих контакты каждого типа, заполните
таблицу.
*Дополнительные баллы можно будет
получить, если к протоколу будет приложен скрипт-файл для работы в RasMol.
При поиске полярных контактов рекомендуем использовать порог расстояния в 3,5 Å,
а при поиске неполярных 4,5 Å. (Напоминаем, что полярный
контакт, или водородная связь, имеет место, если оба
контактирующих атома полярны; соответственно, неполярный контакт,
или гидрофобное взаимодействие, предполагает, что оба атома неполярны).
Таблица. Контакты разного типа в комплексе ...
|
Полярные |
Гидрофобные |
Всего |
Контакты белка с ... |
|
|
|
... остатками 2'-дезоксирибозы |
|
|
|
... остатками фосфорной кислоты |
|
|
|
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
|
|
|
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
|
|
|
Сравните количество контактов разного типа, напишите краткое резюме
в протоколе.