Упр.1 В последовательности моего белка нашлось 5 участков, сходных с доменами Pfam, из них 2 достоверных: "OmpA_membrane" (OmpA-like transmembrane domain) и "OmpA" (OmpA family) |
1) 5 2) 2 3) OmpA_membrane, OmpA OmpA-like transmembrane domain, OmpA family |
Чтобы увидеть аннотацию домена, последуйте по гиперссылке в левой колонке или же ткните мышкой в его графическое изображение на схеме доменной структуры. На страничке (как правило) две аннотации: собственная Pfam (сразу под названием) и взятая из InterPro (ниже). Прочитайте обе аннотации и изложите своими словами то, что Вы поняли (а также укажите слова и фразы, которые понять не удалось). Если одна из аннотаций отсутствует, укажите это. Если в описании есть раздел "Clan" (группа, в которую входит данное семейство белков), напишите что-нибудь о нём.
mafft-profile domain.fasta sequence.fasta > alignment.fasta(если выравнивание домена из Pfam лежит в файле "domain.fasta", а последовательность Вашего белка в файле "sequence.fasta").
Дополнительное задание:
Откройте в RasMol структуру Вашего белка. Сохраните
изображение одной из цепей в остовной модели, на котором цветом выделен
участок, относящийся к домену. Внимание: нумерация в PDB-файле
может не совпадать с "наивной" нумерацией последовательности!