Занятие 10. Эволюционные домены белков и их выравнивания

Ваша рабочая директория — H:\Term4\Practice10. Все файлы, относящиеся к этому занятию, в том числе протокол выполнения упражнений, должны лежать в этой директории.

  1. Найдите в своём белке домены, аннотированные в банке эволюционных доменов Pfam, и опишите один из них.
  2. Этапы работы:

  3. Сколько белков с той же доменной организацией, что у вашего белка, описано в банке Pfam?
  4. На страничке любого из достоверных доменов выберите закладку "Domain organisation" (вторая сверху в левой колонке). Найдите в списке доменных организаций ту, что совпадает с таковой для вашего белка.

  5. Сохраните на диск выравнивание представителей выбранного домена. Подровняйте полную последовательность своего белка к выравниванию домена. Импортируйте полученное выравнивание в GeneDoc.
  6. Этапы работы:

  7. Пользуясь GeneDoc, определите границы (начало и конец) участка в Вашей последовательности, который выравнивается с представителями домена. Сравните с аннотацией (поле FT ключ "DOMAIN") из записи Swiss-Prot.
  8. Дополнительное задание:
    Откройте в RasMol структуру Вашего белка. Сохраните изображение одной из цепей в остовной модели, на котором цветом выделен участок, относящийся к домену. Внимание: нумерация в PDB-файле может не совпадать с "наивной" нумерацией последовательности!