В файле P:\y06\Term4\Block3\Porins_6.ent находятся совмещённые структуры 6 белков (поринов), а в файле Porins_6.fasta — их последовательности (имена последовательностей совпадают с идентификаторами цепей в файле со структурами).
Пользуясь RasMol и GeneDoc, постройте выравнивание предлагаемых участков, согласованное с пространственным наложением последовательностей.
Разметьте выравнивание (добавьте строку, в которой указано, есть выравнивание на данном участке или нет). Сохраните результат в виде msf-файла.
Постройте автоматическое выравнивание (одной из программ множественного выравнивания) тех же участков и сравните результат с результатом ручного выравнивания.
Вариант 1: 1-57:A, 1-62:B, 1-57:C, 2-58:D
Вариант2: 1-57:A, 1-57:C, 2-58:D, 1-46:E
Вариант 3: 75-116:A, 82-123:B, 75-116:C, 75-118:D
Вариант 4: 149-200:A, 155-204:B, 148-208:C, 151-200:D
Вариант 5: 240-271:A, 250-281:B, 249-280:C, 233-264:D
Вариант 6: 240-271:A, 250-281:B, 233-264:D, 223-255:E
Таблица вариантов:
|
Фамилия |
Вариант |
|
Фамилия |
Вариант |
|
Алипер |
1 |
|
Ненчук |
1 |
|
Артёмов |
2 |
|
Омельченко |
2 |
|
Ахмадулина |
3 |
|
Подковкина |
3 |
|
Бабкин |
4 |
|
Поздышев |
4 |
|
Вахрушева |
5 |
|
Пономарева |
5 |
|
Головастова |
6 |
|
Попенко |
6 |
|
Головкина |
1 |
|
Попова |
1 |
|
Гурьянова |
2 |
|
Прусов |
2 |
|
Далина |
1 |
|
Пуляхина |
3 |
|
Даниленко |
3 |
|
Руднева |
4 |
|
Донченко |
4 |
|
Рыжкова |
5 |
|
Ивин |
5 |
|
Смирнова |
6 |
|
Кананыхина |
6 |
|
Сорокин |
1 |
|
Карпович |
1 |
|
Степнов |
2 |
|
Ковров |
2 |
|
Суворова |
3 |
|
Лисицина |
3 |
|
Твардовский |
4 |
|
Лукин |
4 |
|
Фомичёва |
5 |
|
Макаров |
5 |
|
Шашина |
6 |
|
Митрофанов |
6 |
|
|
|