Задание 12

В файле P:\y06\Term4\Block3\Porins_6.ent находятся совмещённые структуры 6 белков (поринов), а в файле Porins_6.fasta — их последовательности (имена последовательностей совпадают с идентификаторами цепей в файле со структурами).

  1. Пользуясь RasMol и GeneDoc, постройте выравнивание предлагаемых участков, согласованное с пространственным наложением последовательностей.

  2. Разметьте выравнивание (добавьте строку, в которой указано, есть выравнивание на данном участке или нет). Сохраните результат в виде msf-файла.

  3. Постройте автоматическое выравнивание (одной из программ множественного выравнивания) тех же участков и сравните результат с результатом ручного выравнивания.



Вариант 1: 1-57:A, 1-62:B, 1-57:C, 2-58:D

Вариант2: 1-57:A, 1-57:C, 2-58:D, 1-46:E

Вариант 3: 75-116:A, 82-123:B, 75-116:C, 75-118:D

Вариант 4: 149-200:A, 155-204:B, 148-208:C, 151-200:D

Вариант 5: 240-271:A, 250-281:B, 249-280:C, 233-264:D

Вариант 6: 240-271:A, 250-281:B, 233-264:D, 223-255:E



Таблица вариантов:

Фамилия

Вариант

 

Фамилия

Вариант

Алипер

1


Ненчук

1

Артёмов

2


Омельченко

2

Ахмадулина

3


Подковкина

3

Бабкин

4


Поздышев

4

Вахрушева

5


Пономарева

5

Головастова

6


Попенко

6

Головкина

1


Попова

1

Гурьянова

2


Прусов

2

Далина

1


Пуляхина

3

Даниленко

3


Руднева

4

Донченко

4


Рыжкова

5

Ивин

5


Смирнова

6

Кананыхина

6


Сорокин

1

Карпович

1


Степнов

2

Ковров

2


Суворова

3

Лисицина

3


Твардовский

4

Лукин

4


Фомичёва

5

Макаров

5


Шашина

6

Митрофанов

6