Зачётное задание по блоку 3.

Задание состоит в оформлении результатов практикумов и представлении их на своём веб-сайте.

Вы должны создать следующие веб-страницы (в кавычках — заглавие (<H1>) страницы, и тот же текст должна иметь гиперссылка со страницы первого семестра):

1. «Последовательность белка XXXX_ECOLI». На этой страничке должна присутствовать последовательность вашего белка в формате fasta (см. практикум 2), желательно — в ячейке таблицы из одного столбца и одной сроки, в преформатированном виде (тег <PRE>). Кроме того, эта страница должна содержать таблицу частот остатков в вашем белке, информацию о молекулярном весе белка, проценте гидрофобных остатков, (*) вывод о том, на какие белки — трансмембранные или глобулярные — больше похож Ваш белок по своему аминокислотному составу.
2. «Состав записи 0XXX банка PDB». Здесь должна присутствовать информация о составе записи (домашнее задание к практикуму 10); страничка должна быть в формате HTML! Ниже — краткое описание одной из цепей белка: изображение цепи в остовной модели (задание 5 практикума 10), характеристика вторичной структуры (какого типа белок, сколько в данной цепи альфа-спиралей и бета-тяжей).
   (*) Вставьте изображение всех цепей белка в остовной модели с раскраской по цепям (color chain) вместе с лигандами в шарнирной модели.
3. (*, название придумайте сами) — описание общей формы белка, оценка его абсолютных и относительных размеров (задание 4 практикума 11); желательна картинка.
4. «Торсионные углы». На этой страничке должны присутствовать (с разумными пояснениями) полученные вами карты Рамачандрана (практикум 12).
5. «Альфа-спираль номер N» или/и «Бета-тяжи N и M» — все результаты практикума 13.
6. «Контакты XXXX с YYYYYY по данным записи 0XXX» (вместо XXXX — название вашего белка, вместо YYYYYY — название лиганда). Здесь должны присутствовать (с надлежащими заголовками): список остатков, контактирующих с лигандом и картинка, иллюстрирующая контакт одного из остатков с лигандом.

Все картинки и таблицы должны иметь заголовки либо подписи!

Гиперссылки со страницы первого семестра должны быть разумно организованы (ссылки на страницы 2–6 естественно сделать подпунктами пункта «Структура XXXX»). Нумеровать страницы не надо: приведённая нумерация — исключительно для лучшего понимания. Задания, обозначенные звёздочкой (*) — дополнительные (на зачёт не влияют, но влияют на рейтинг).

По вашему сайту будут оцениваться:

А) правильность полученных результатов;

Б) наглядность представления результатов.

Кроме того, по вашим рабочим директориям будут оцениваться:

Г) скрипты, которые вы составляли на практикумах;

Д) порядок в директориях.

Имеет смысл к следующему занятию проверить состояние рабочих директорий.

Зачёт (и работа над ошибками) — 17 декабря. Приветствуется досрочное выполнение (те, кто оформят всё или значительную часть к утру понедельника, получат бонусные баллы + зачёт в первую очередь).

Сдача долгов возможна 24 декабря, но времени будет мало! Если оставите много на последний день, останетесь без зачёта!