Материалы к занятию 12
Задания
Заведите директорию Practice12;
файлы с результатами выполнения заданий должны появиться в ней.
Заведите файл протокола, протокол начните с даты и названия занятия.
Не забывайте указывать пункты задания и писать минимальные
пояснения к сделанному.
Выберите
один из лигандов (молекулу органического вещества или ион) из
имеющихся в вашей структуре. Сохраните в отдельном файле атомы
белка, контактирующие с этим лигандом (контактом будем считать
расположение двух атомов на расстоянии ближе 5,5 Å).
Внесите в протокол идентификаторы остатков, контактирующие с
лигандом. Выберите один из контактирующих остатков и сохраните в
отдельный графический файл (формата GIF)
изображение взаимного расположения остатка и лиганда.
Оставьте
в графическом окне изображение одной (любой, если их несколько) цепи
белка в проволочной модели. Определите и внесите протокол, к какому
типу относится белок (альфа-спиральный, бета-структурный либо
«альфа+бета»). Создайте скрипт ss.def с определениями
элементов вторичной структуры; скрипт должен содержать строки
вида:
define helix1
23-60:A
define helix2 72-80:A
...
echo helix1 to helix7 are
alpha-helices (of the chain A)
define strand1 5-15:A
...
echo
strand1 to strand7 are beta-strands (of the chain A)
Испытайте
скрипт, исполнив его и затем набрав, например, команды:
select
helix3
color green
Сохраните
таблицу торсионных углов φ и
ψ для одной из цепей белка. Импортируйте эту таблицу в Excel,
уберите лишние строки и столбцы и придайте содержательным столбцам
подходящие заголовки. Постройте средствами Excel карту Рамачандрана
для этой цепи.
Отдельно постройте карты для глицинов и пролинов.