Материалы к занятию 13

Задания

Заведите директорию Practice13; файлы с результатами выполнения заданий должны появиться в ней. Заведите файл протокола, протокол начните с даты и названия занятия.
Не забывайте указывать пункты задания и писать минимальные пояснения к сделанному.

Выберите в структуре:
самую длинную спираль (желательно из 3-х и более витков),

ИЛИ

самую длинную пару соседних бета-тяжей (желательно из 5-ти и более остатков каждый).

Укажите в протоколе, какие элементы вторичной структуры выбраны для исследования: номера остатков и обозначение согласно сделанному на прошлом занятии скрипту ss.def.

1. Создайте графический файл с изображением остовной структуры всего белка с наложенным на него изображением данного элемента (элементов) вторичной структуры в ленточной (cartoons) модели, желательно выделить элемент(ы) также цветом.
   
   

2. Определите среднее значение, а также максимальное и минимальное значения торсионных углов φ и ψ в пределах данной спирали или данной пары тяжей.
   
   

3. Создайте графический файл с изображением паттерна водородных связей между остовными атомами элемента вторичной структуры. Для этого:

   • оставьте в графическом окне только остовные атомы данного элемента:
     restrict none
     select helix7 and backbone (если Вы исследуете helix7)
     color cpk
     wireframe 50
     cpk 100
      

   • вычислите водородные связи и выведите их в графическое окно:
     hbond
     hbonds

   • надпишите какую-нибудь пару атомов, между которыми имеется водородная связь (команда label; должны быть видны имена атомов). Подберите подходящие ракурс, размер и цвет фона и сохраните картинку.
     
     

4. Кратко опишите в протоколе, между какими атомами наблюдается водородная связь.
   
   

5. Определите атомы белка, удаленные от атомов спирали не более, чем на 5,4 Å, но не входящие в выделенную спираль. Представьте их в шариковой модели (cpk 100) с раскраской по атомам.
   Можно ли считать, что контакты спирали с остальной частью молекулы равномерно распределены в пространстве?
   Визуально выберите сторону спирали, наиболее плотно контактирующую с другими остатками белка. Опишите не менее 4 конкретных контактов в таблице, см.ниже. Желательно выбрать контакты разной природы.
   
   
   

Таблица. Контакты альфа-спирали 52-72 с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1XXX.
 

Пояснение. Контакты бывают (в первом приближении) двух типов:

1. Водородные связи. Контактирующие атомы являются атомами кислорода или азота. Расстояние между центрами контактирующих атомов — не более 3,7 Å (чаще 2,5–3,2 Å).

2. Гидрофобные взаимодействия. Контактирующие атомы являются атомами углерода или серы. Расстояние между центрами контактирующих атомов — до 5,4 Å (чаще 3,5–4,2 Å).