Содержание и формат отчета "Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса_______(название белка)____и______(название фрагмента ДНК)_________"

  1. Краткое описание структуры в файле XXXX.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул (указать организм, привести названия всех молекул, указать их количество).
    Для исследования были выбраны цепи_______белка и цепи ____, представляющие ДНК со следующей последовательностью:

    образец

    цепь Х [200] 5' - tccag.........ca - 3' [210] 
                   |||| ........||  
цепь Y [210] 3' -  ggtc.........gt - 5' [200],

    где 200 и 210 - номера первого и последнего нуклеотида.

  2. Функции белка, структура которого представлена в файле ХХХХ.pdb

    3. Откройте соответствующий документ UniProt, найдите в нем описание функций (и особенностей) белка, кратко их опишите в отчете.

  3. Исследование структуры ДНК

    4. С помощью программ find_pair и analyze определите тип формы ДНК. Определите средние значения торсионных углов для внутренних нуклеотидов (для всех, кроме краевых). Найдите самый "кривой" нуклеотид со значениями торсионных углов, наиболее отклоняющимися от средних. Файл Excel прикрепите к отчету. В кратком резюме укажите, насколько по вашему мнению связывание с белком приводит к деформации ДНК.

  4. Исследование природы ДНК-белковых контактов

    5. Приведите результаты выполнения задания 8, упр.2:
    1) скрипт my_dna.def, в котором определены множества атомов, необходимые для выполнения упр.2;
    2) заполненная таблица из упр.2.;
    3) в кратком резюме опишите свои наблюдения.

  5. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    6. Приведите использованную команду и полученную картинку. Сравните схему на картинке с вашими результатами из п.III

  6. Возможный(е) распознающий(е) контакт(ы)

    7. Укажите, контакт какого аминокислотного остатка с каким нуклеотидом представляется вам хорошим кандидатом на роль распознающего контакта. Приведите обоснование вашего выбора. Приведите картинку, полученную с помощью RasMol, на которой изображены выбранные контактирующие остатки.

  7. Характеристика ДНК-связывающего домена ___(UniProt ID)________

    8. С помощью инструментов Pfam определите доменную структуру белка из исследуемого комплекса. Приведите картинку, иллюстрирующую доменную структуру. Приведите полное название ДНК-связывающего домена и его краткую аннотацию в InterPro.