Примерный план контрольной работы 1-го блока

Задан файл(ы) или часть файла с описанием структуры нуклеиновой кислоты в формате PDB.

Возможные задания:
  • Определить тип кислоты (ДНК/РНК).
  • Определить форму нуклеиновой кислоты (A-, B-, Z-).
  • Определить один из параметров спирали (шаг, число нуклеотидов на виток, ширину большой бороздки и т.д.).
  • Задан номер нуклеотида. Определить значения одного торсионного угла с помощью RasMol или всех углов с помощью 3DNA.
  • Заданы номера 2-х последовательных нуклеотидов. Получить изображение динуклеотидного фрагмента в шарнирной модели (RasMol), нарисовать его структурную формулу с помощью ChemSketch.
  • Найти первую(вторую, третью) по последовательности шпильку в структуре с помощью 3DNA (т.е. определить номера нуклеотидов в стебле и в петле).
  • Найти с помощью 3DNA неканоническую пару оснований и получить ее изображение с помощью RasMol.
  • Написать команду RasMol, определяющую какое-либо множество атомов ДНК (например, все атомы рибозы, или все атомы оснований, или все атомы аденина, обращенные в сторону большой бороздки и т.п.).
  • Написать скрипт-файл для последовательного отображения в RasMol полной структуры нуклеиновой кислоты в разных моделях и/или с выделением предопределенных множеств атомов.
  • Определить наличие или отсутствие контакта между заданной группой атомов белка и заданной группой атомов ДНК/РНК. Например, между боковыми группами всех аминокислотных остатков и остовом ДНК, или между боковыми группами всех серинов и атомами всех аденинов и т.п.

Рекомендации

  1. Самый лучший способ подготовки — это выполнить все упражнения.
  2. Заранее продумайте стратегию выполнения каждого задания.
    Заданий будет ровно десять, но каждое из них можно выполнить быстро и профессионально.
    Внимательное изучение всех подсказок прямо на зачетном занятии (особенно, если вы их в первый раз читаете) приведет к тому, что вы не успеете выполнить и половину заданий.
  3. Для успешного выполнения последнего задания полезно повторить однобуквенные обозначения аминокислотных остатков и физико-химические свойства боковых групп.
  4. Если в процессе подготовки возникают проблемы, пишите письмо или подходите!