Занятие №7
Классификация функций. Коды ферментов


Найдите заданный код фермента в таблице

  1. Объясните, что значит заданный Вам код фермента

    2. В отчете следует привести сам код и расшифровку для каждого его пункта на русском и английском языках.
    Для этого следует зайти на страницу International Union of Biochemistry and Molecular Biology и далее проследовать по ссылкам - в соответствии с кодом фермента.

    Дополнительную информацию можно получить из баз данных BRENDA и EcoCyc - ссылки на них приводятся на странице, посвященной Вашему коду фермента. Например, здесь.

  2. Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    3. Данное задание необходимо, чтобы определить, всегда ли гомологичны белки с одинаковой функцией в далеких организмах. Для этого следует найти с помощью SRS в базе UniProt фермент с заданным кодом в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Запрос внесите в протокол.

    Подсказка:
    Для упрощения запроса воспользуйтесь тем, что для белков из этих организмов приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_Ecoli", "_Human", "_Metja". Это позволит легко отфильтровать разные штаммы E. coli. Исследуйте только те последовательности, гены которых имеют имена!

    В случае, если в одном из этих организмов не найдено нужного Вам фермента, Вы можете найти его в любом другом полном геноме из того же царства. Cписок полных геномов в его современном виде доступен в базе данных KEGG.

    В протокол внесите:
    1. число указанных ферментов в каждом из трех организмов
    2. названия доменов Pfam в найденных последовательностях, ответственных за данную ферментативную активность (возможно, это будет один и тот же домен во всех белках)
    3. результаты сравнения последовательностей двух (минимум) или более ферментов, наиболее далеких по последовательностям
    4. вывод о гомологичности – один из трех ответов: (а) домены, отвечающие за ферментативную активность, по-видимому, не гомологичны; (б) домены гомологичны, но белки в целом - нет; (в) все найденные белки гомологичны.

    Сначала сравните доменную структуру найденных белков, для этого используйте вариант просмотра результата SW_InterProMatches, который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях.
    Результаты исследования следует предоставить в виде таблицы:

        Фермент 1 (организм, AC последовательности) Фермент 2 (организм, AC последовательности) Фермент 3 (организм, AC последовательности)
      Идентификатор, название домена Pfam Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности
    Домен 1        
    Домен 2        
    Домен 3        
     · · ·        

Если Вы справились с обязательными заданиями, можете попробовать выполнить дополнительные.