Ниже изучаемой последовательности создайте искусственную последовательность такой же длины для описания предсказанной топологии. Для этого используйте опцию импорта последовательности как текста с клавиатуры. Создайте последовательность из несколько символов "-" с нужным Вам названием ("OPM", "Manual", "TMHMM"....). После чего переходите в режим редактуры остатков (Edit Residue Mode) и отметьте позиции мембранных сегментов буквой "Н", позиции цитоплазматических петель знаком "+", остальные — знаком "-".
Можно дополнительно раскрасить последовательность вручную (Manual shade mode). Может получиться очень красиво, но помните, что программа плохо сохраняет такую раскраску в файлах *.msf, поэтому надо часто экспортировать выравнивание в файлы *.htm * или *.rtf. Кроме того, в отчете следует пояснить, что как раскрашено.
Следите за номером позиции по размечаемой последовательности (на нижней панели справа)!!!
При разметке исследуемой последовательности по ОРМ помните, что нумерация в ОРМ соответствуют нумерация последовательности белка-прототипа в PDB !!
В работе Kyte, Doolittle, 1982, был предложен метод предсказания особенностей структуры белка, позволяющий найти в последовательности фрагменты, соответствующие трансмембранным спиралям или поверхности белка.
Суть метода в следующем. Каждому аминокислотному остатку приписывают некое число, показатель гидрофобности его боковой группы, см. шкалы гидрофобности. Затем выбирают размер скользящего окна. По умолчанию, его размер обычно - 9 а.о. Программа просматривает всю а.к.последовательность и для каждого окна вычисляет среднее значение гидрофобности. Затем строится график, по оси абцисс - позиция в последовательности, по оси ординат - средняя гидрофобность для окна с центром в данной позиции.
При предсказании трансмембранных сегментов оптимальным считают размер окна - 19 а.о.
(При определении сегментов, соответствующих белковой поверхности, лучшие результаты получаются с окном в 9 а.о. , рассматривают области ниже срединной линии на графике)
Рассмотрите пики со средним значением гидропатичности более 1.7. Каждый такой пик соответствует центру сегмента а.к. последовательности с длиной, равной размеру выбранного окна. Если соседние сегменты перекрываются, то они могут быть описаны как один трансмембранный сегмент, но имейте в виду, что мембрана имеет конечную толщину (в среднем около 30 Å ), что соответствует спиралям примерно из 20 остатков.Для предсказания ориентации белка в мембране используйте правило фон Хейне.