Правила получения зачета за блок "Эволюция белков митохондриальных рибосом"

Отчет о проведенных исследованиях нужно предоставить до 18.00 12 мая.

Разделы "Филогенетический анализ" и "Дополнительные исследования" можно сдать чуть позже, до 15 мая.

Формат отчета – HTML-страничка, прикрепленная к учебному сайту.

На зачетном занятии 19 мая преподаватели имеют право попросить вас выполнить одно простое упражнение из числа тех, что выполнялись в течение блока, но с другими входными данными.

Содержание отчета

* отмечены необходимые гиперссылки на рабочие файлы.

Заголовок – "Эволюция белков митохондриальных рибосом"

  1. Поиск бактериальных гомологов ... по нормированному профилю белков ..... митохондриальных рибосом

    1. Общая характеристика обучающей выборки
      Запрос SRS. Кол-во последовательностей, желательно среднее попарная идентичность. Описание доменной структуры с картинкой из Pfam. Краткое сравнение выравнивания полных последовательностей и выравнивания доменов. Картинка с выравниванием. *Файл Genedoc
    2. Краткое описание и сравнение *простого и *нормированного профилей.
    3. Обоснование выбора порога
      Таблица к упр.6-7 <"Результаты поиска по двум группам бактерий с разными значениями порога">. Краткий комментарий к таблице, в котором вы объясняете, почему для поиска по профилю выбрано данное значение порога.
    4. Заголовок –"Распределение нормированных весов находок в протеомах 2-х групп бактерий".
      Картинка c гистограммами. Краткие выводы из наблюдаемого на картинке.
      *Файлы с результатами поиска и *рабочая книга Excel с построением гистограмм
    5. Заголовок – "Тест Вилькоксона". Результат теста и выводы.

  2. Филогенетический анализ рибосомальных белков .... из эукариотических миохондрий и 3-х групп бактерий

    1. Описание выборки в виде таблицы: 
      Группа источников рибосом	Число последовательностей	Среднее Id%

альфапротеобактерии			20				40%
гаммапротеобактерии		     ...                        ...
фирмикуты		
митондрии
    2. Картинка с филогенетическим деревом. Краткий комментарий к структуре дерева.
    3. *Файл с попарными эволюционными расстояниями по Джуксу-Кантору. Картинка с двумя гистограммами: первая - распределение попарных эволюционных расстояний между митохондриальными белками и белками из гаммапротеобактерий, вторая - то же для альфапротеобактерий. Краткие выводы.

  3. Дополнительные исследования

    4. Свободная форма отчета.

  4. Резюме