Занятие 11 (PDB и RasMol)

См. подсказки.

1. а) В таблице найдите против своей фамилии код банка PDB.

   Запустите программу Putty и соединитесь с машиной kodomo-count.fbb.msu.ru (см. подсказки). Перейдите в поддиректорию term1/Practice11 и выполните команду:

    get_pdb 1xxx
   

   где вместо "1xxx" надо подставить свой код.

   б) Откройте появившийся файл редактором Far. Скопируйте в протокол содержимое полей HEADER и TITLE. Поясните, какую именно информацию, по вашему мнению, содержат эти поля.

   в) Сравните содержимое поля COMPND с описанием своего белка, выводы опишите в протоколе.

   г) Проанализируйте поле SEQRES. Найдите соответствие между приведённой там информацией и последовательностью своего белка. Опишите свои выводы и наблюдения в протоколе.

   д) В полях HET, HETNAM и FORMUL содержится описание лигандов, имеющихся в структуре. Проанализируйте эти поля и занесите в протокол информацию, которую Вы из них сумели почерпнуть. Примечание: важной для работы с файлом информацией является трёхбуквенное обозначение лиганда.

2. Запустите программу RasMol и откройте в нём ваш PDB-файл (File → Open → …). Поводите по графическому окну мышью вверх-вниз и вправо-влево, удерживая сначала левую, затем правую кнопку мыши, затем удерживая одновременно клавишу <Shift> и одну из кнопок. Опишите в протоколе, что происходит в графическом окне при каждом из действий.

   Изучите работу кнопки "Display" графического окна.
   Полюбопытствуйте, что на экране у товарищей! Это может быть очень поучительно.

3. При запуске программы RasMol, кроме графического, открывается командное окно. Попробуйте выполнить простейшие команды:

    wireframe off
    backbone
    backbone off
    spacefill
    spacefill off
    cpk
    cpk off
    wireframe

   Каждый раз смотрите, что происходит с изображением в графическом окне.
   Щёлкните левой кнопкой мыши по изображению какого-нибудь атома в графическом окне — в командном окне должно появиться описание этого атома.

4. Оставьте в графическом окне изображение какой-нибудь одной цепи белка в остовной модели.
   Для этого: выясните идентификатор цепи (после слова “Chain” в описании атома, возинкающем в командном окне после щелчка; если такого слова нет, значит, цепь единственная и идентификатора не имеет). Выполните команду:
   

    restrict *x

   вместо x подставьте идентификатор цепи; если цепь единственная, то эта команда не нужна. Затем, пользуясь меню Display или командами из предыдущего пункта, создайте изображение остовной модели.

   Подберите достаточно наглядное и эстетичное расположение картинки в окне и сохраните изображение в графический файл формата GIF с подходящим названием (в меню графического окна Export → GIF).

5. (домашнее задание) Создайте файл description_1xxx.doc (вместо «1xxx» – код вашей структуры), в котором опишите молекулы, структуры которых описаны в документе PDB. Для этого скопируйте шаблон описания документа PDB и заполните его.