Занятие 13 (RasMol)

Заведите директорию Pr_13; файлы с результатами выполнения заданий должны появиться в ней. Заведите файл протокола, протокол начните с даты и названия занятия. Не забывайте указывать пункты задания и писать минимальные пояснения к сделанному. См. также указания.
  1. Выберите один из лигандов (молекулу органического вещества или ион) из имеющихся в вашей структуре (замечание: по возможности НЕ выбирайте селенометионин). Сохраните в отдельном файле атомы белка, контактирующие с этим лигандом (контактом будем считать расположение двух атомов на расстоянии ближе 5Å). Внесите в протокол идентификаторы остатков, контактирующие с лигандом. Выберите один из контактирующих остатков и сохраните в отдельный графический файл (формата GIF) изображение взаимного расположения остатка и лиганда.

  2. Оставьте в графическом окне изображение одной (любой, если их несколько) цепи белка в остовной модели. Покрасьте её по структуре, для этого выполните (имея в качестве выделенного множества данную цепь) команды:

     structure
     color structure
    Определите и внесите протокол, к какому типу относится белок (альфа-спиральный, бета-структурный либо "альфа+бета"). Подберите ракурс, в котором хорошо видна вторичная структура цепи, и сохраните изображение в формате GIF.

  3. Выберите один из элементов вторичной структуры (альфа-спираль или пару рядом расположенных бета-тяжей; желательно выбирать самый протяжённый элемент). Создайте скрипт sselem.def, в котором под подходящими названиями определяются следующие множества:

    Краткое описание всех определяемых множеств должно появиться в командном окне при исполнении скрипта, например:
     The chosen alpha-helix is defined as "myhelix"
     ...
     The set of all nonpolar atoms of myhelix is defined as "npatoms"
     ...
    
  4. (*) Подумайте, как создать такое изображение, которое достаточно наглядно отображало бы структуру водородных связей выбранного Вами элемента вторичной структуры с остальной частью белка (или комплекса). То же для гидрофобных контактов. Попробуйте сохранить подобные изображения (один или несколько вариантов) как в виде GIF-файлов, так и в виде RasMol-скриптов.