Материалы к занятию 3
Задания

Задания выполняются в FAR manager

1.	Создайте директорию для практикума 3. Как она должна называться? Создайте файл для ведения протокола. Краткое имя:  XXXXXXX_pr3.doc  где XXXXXXX – ваша фамилия латинскими буквами. Откройте с помощью Word и запишите дату.

2.	Найдите и сохраните в протоколе информацию о вашем белке и его гене. 
Заполните табличку: 

Таблица. Описание гена zzzzz (zzzzz –название вашего гена, первая буква строчная, другие могут быть и прописными) и его продукта 
Содержание информации	Англ. текст – копия из файла	Ваши комментарии и перевод на русский – если получится!	
Краткое название гена			
Синонимы (если есть)			
На какой цепи расположен (прямая или обратная)			
Номер первого нуклеотида кодирующей последовательности гена 			
Номер последнего нуклеотида кодирующей последовательности гена			
(*) Первый кодон гена			
(*) Стоп-кодон			
Имя локуса			
Идентификаторы белка в базе данных UniprotKB 			
Полное название белка (поле ”product”)			
Дополнительная информация о белке (из полей ”function”, “notes”)			

Скопируйте табличку в файл с протоколом. Из архива P:\y08\Term_1\ecoli_K12_U00096.zip скопируйте файл ecoli_K12_U00096.embl в свою директорию. В файле ecoli_K12_U00096.embl найдите информацию о вашем гене и скопируйте её в файл с протоколом. 
Подсказка: информация о гене (название гена, номер локуса, последовательность белка) заключена между двумя строками, начинающимися с «FT     gene», информация о белке, закодированном в этом гене идет после строчки «FT     CDS». Для поиска своего гена воспользуйтесь клавишей <F7>, для копирования информации в другой файл — выделением блока (см. подсказку по редактору FAR'а) и буфером (<Ctrl+C>, <Ctrl+V>).
3.	Создайте  файл с аминокислотной последовательностью в формате fasta  
Создайте файл  YYYYYYY.fasta , где YYYYYYY — идентификатор вашего белка. Создайте первую строчку в соответствии с форматом fasta. В качестве описания — ту часть информации о гене, которая заключена в кавычки после  ”/product= “. Далее с новой строки — последовательность, в одну или несколько строк, без пустых строк. Сохраните файл. Укажите в протоколе полное имя полученного файла. 
Первая строка содержит название и описание белка в виде:
>name description 
(например: «>YFJU_ECOLI Putative arsenate reductase»)
далее с новой строки — последовательность, в одну или несколько строк, без пустых строк. В качестве названия используйте краткое название, в качестве описания — ту часть информации о гене, которая заключена в кавычки после /product= . Сохраните файл. Укажите в протоколе полное имя полученного файла. 

Устройство нашего домена, или как заходить на сервера kodomo и kodomo-count с уделенного компьютера по протоколу ssh

4.	 Зайдите в свой account на нашем сервере kodomo-count, напишите в файле сообщение себе самому и прочтите его на локальном компьютере.
•	Выведите на свой Desktop иконку программы Putty.  Это одна из многочисленных программ, позволяющих соединяться с удалёнными компьютерами по протоколу ssh. Для этого запустите поиск (Start > Search > All files and folders) файла putty.exe. Щелкните по имени найденного файла правой кнопкой мыши, выберите "Create shortcut" и согласитесь создать иконку на Desktop. 
•	Сохраните в Putty имя сервера и протокол для связи чтобы впредь не набирать каждый раз. Для этого в окошке “Host name” наберите имя сервера kodomo-count.fbb.msu.ru, в окошке "Saved sessions"  - краткое имя сервера, например, kodomo-count,  в меню "Protocol" выберите "SSH" и нажмите кнопку "Save". 
•	Зайдите на сервер. Для этого выделите имя сервера => Load => Open. В появившемся окне введите свои login и пароль - те самые, под которыми вы заходите на компьютеры класса. 
      Если все сделано правильно, перед Вами появится приглашение ввести команду - несколько слов и знак $. Это значит, что Вы можете работать на компьютере kodomo-count  в операционной системе Linux. 
•	Создайте файл с посланием самому себе. Для этого выполните команду:
echo  <‘Текст письма в кавычках’   >   <имя файла>
Например, так:
echo  ‘ПРИВЕТ!’  >  from_aba
•	Проверьте, что файл создан, командой 
less <имя файла>
В примере:
less   from_aba
Команда less показывает содержимое файла. Выход из нее: q (от quit)  Впрочем, можно использовать и команду more для той же цели.
•	Найдите созданный файл на диске H с помощью FAR и прочитайте сообщение самому себе, лежащее в этом файле. С русским текстом возникнут проблемы, которые решаются так.
o	Настройте FAR чтобы он понимал кодировку koi8-R:
Зайдите в директорию C:\Program Files\FAR\Addons\Tables\Cyrillic
Щелкните по имени файла KOI8-R.reg . Все, FAR знает об этой кодировке навсегда.
o	Переключение кодировки при просмотре в редакторе FAR (т.е. при нажатии F3 или F4) – Shift-F8.

Обмен файлами между удаленным компьютером и домашней директорией на kodomo.

5.	 Скопируйте один из файлов Student_<i> (i – номер) из директории /tmp/Test/ на сервере kodomo в свою директорию и вставьте его содержимое в протокол. 
Решение задачи по протоколу sftp с помощью FAR. 
<Alt+F2> и в правой панели выберите WinSCP.
<Shift+F4> и в меню укажите:
         “Host name”:  kodomo.fbb.msu.ru
        “User name” : ваше
        “Password”: можно указать, а можно и не указывать – спросит!
         Проверьте, что отмечен протокол ”SFTP”, <Enter> => “Ok” – чтобы запомнить адрес, по дороге у вас узнают под каким именем запомнить этот адрес.
Щелчком по этому имени заходите на удаленный компьютер, в данном случае – kodomo.    Ищете там указанный файл и копируете к себе в директорию на диске H.