Title: Практикум 3
Author: aba
Company: msu

Материалы к занятию 4
Задания
Поиск в интернет
Знаком (*) отмечены те задания, которые не входят в обязательную часть зачетного задания

В файле Student_Protein_PDB_bacteria.xls для каждого студента указана бактерия, полный геном которой расшифрован (секвенирован) 

0.	Напоминание. Для протоколирования результатов создайте поддиректорию в правильном месте диска H: и с правильным именем и файл в ней с правильным именем.

1.	(*) Сколько серверов, кроме нашего, имеют URL, включающий слово kodomo?

Подсказывать? Ну, ладно, google => inurl:   ….. 
 
2.	(*) Найдите с помощью google определения аббревиатур CDS и ORF. Скопируйте по одному определению в протокол.

Пояснение. Используйте ограничитель definition:   Не забудьте переключиться на находки на английском языке.

3.	Поищите вашу бактерию на сайте  европейского института биоинформатики (EBI – european Bioinformatisc Institute, www.ebi.ac.uk). Советую там (на сайте ebi) отыскать нужную страницу среди Karyn’s genomes – она обязательно пригодится! Karyn Duggan – автор этого сайта.

Подсказка: ограничитель site:

4.	Найдите и откройте с помощью google презентацию (если нет – статью) о вашей бактерии. Запомните (и в голове, и на диске  ) необходимую информацию. Включите в протокол адрес источника информации – URL и, желательно, имя автора. 

Пояснения. Укажите тип файла ppt для презентации или pdf – для статьи. Используйте “+” при задании родового имени одной буквой, например, +E.coli.  На первой странице находок внимательно прочитайте названия и выберите б.м. подходящие для проверки содержания. Не увлекайтесь разглядыванием презентации, если она не о том, – время дорого . Если не знаете как копировать картинки – спросите! 

5.	Найдите и сохраните фотографию вашей бактерии с помощью Google => Картинки. Сохраните также подпись к фотографии или иное обоснование того, что изображена именно ваша бактерия.

6.	Составьте запрос для поиска статей в БД PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/)  о вашей бактерии и
- описывающих полный геном (complete genome) и 
-  вышедших после 2003 года.
Сохраните запрос, число находок, аннотацию одной из статей – наиболее интересную для вашего отчета.  
Если находок мало, например, ни одной, измените запрос: откажитесь от термина “complete genome”, откажитесь от ограничения по годам
7.	Составьте запрос для поиска статей в БД PubMed о вашей бактерии, ограничив его дополнительно статьями  в открытом доступе. Сохраните запрос и число находок. 
(*) Откройте полный текст одной из статей и скопируйте из нее информацию или картинку для вашего отчета – если таковые найдутся. 

8.	Сохраните число находок для двух запросов: 
e.coli AND ("complete genome" OR habitat)
и
(e.coli AND "complete genome") OR habitat
Объясните разницу!

9.	Найдите информацию о геноме и протеоме бактерии, необходимую для зачетного задания, на сайте Genome_reviews (http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html) . Там же найдете ссылку на таксономию бактерии.   

Пояснение.  Щелчок по названию бактерии приводит на страницу таксономии; щелчки по кодам записей – столбец “Sequence”, - к получению записи банка Embl с последовательностью генома, сейчас нам она не нужна; нас интересует ссылка “proteom” и далее – Genome statistic. Там найдете данные для отчета. 

Примеры.
Плохой запрос:   E.coli  (находит  268562 статей  ) 

Так себе запрос: e.coli AND 'complete genome' (находит 5 статей)

Хороший запрос: e.coli AND "complete genome"  (находит 169 статей; из-за чего разница с предыдущим???)

===== Выдержки из текста заданий прошлых лет.

Ваша задача - 

определить, почему были выбраны данные организмы (чем они интересны с точки зрения академической науки или практического значения); 

найти фотографию каждого из указанных организмов. 

Внимание! Обязательно должен быть указан источник информации, как минимум в виде веб-адреса! А у фотографии - еще и, возможно, автор. 

Фотографии сохраните еще и в виде графических файлов (*.jpg, *.gif, *.bmp) в рабочей директории. 

========

Таксономическое описание Escherichia coli K-12: 
группа Протеобактерий, 
     класс гамма-протеобактерий,
           порядок Enterobacteriales,
              семейство  энтеробактерий ( Enterobacteriaceae),   
                  род Escherichia 
                         вид coli
                             штамм К-12.