Основы работы с GeneDoc

Как выравнивать последовательности вручную?

Первый способ. Выполните двойной щелчок левой кнопкой мыши по букве. После этого можно использовать клавиши Ins и Del для, соответственно, вставки и удаления гэпов; стрелки – для перемещения.
Второй способ. Нажмите <Ctrl+A>, после чего можно "цеплять" мышью часть последовательности и двигать её вправо или влево.
Третий способ. "Arrange"→"Grab and Drag" (то же, что <Ctrl+A>) или другие возможности редактирования из этого меню.

Как размечать выравнивание?

Вставьте строку "Aligned": в меню "File"→"Import", отмечаете "Clipboard"→"Input"; вводите название “последовательности” "Aligned" и, как минимум, один символ в окно для последовательности, например, "–" → "Done". После этого "Edit"→"Residue Edit mode" (или <Ctrl+U>) и можно вставлять символы в строку. Второй раз <Ctrl+U> — отмена режима редактирования.

Импорт последовательностей

Для импорта последовательностей в одном из стандартных форматов (например, Fasta) используйте "File"→"Import", отмечаете нужный формат и нажимаете "Import", после чего выбираете файл(ы) с последовательностями. Когда импорт завершен, нажимаете "Done".

Как найти слово в последовательности?

“Edit” → “Find” (или <F9>), вводите слово и отмечаете где искать, например, “Find all and shade”. Буква “X” в слове заменяет любую букву (“джокер”). Можно разрешить одно или несколько несовпадений с данным словом (введя максимальное число несовпадений в окно “Mismatches”) или одну или несколько вставок/делеций (окно “Insertions/Delitions”).

Как изменить порядок последовательностей?

“Project” →“Edit sequence list” и читайте внимательно, что можно сделать с помощью этого меню. (Можно удалить, изменить имя и др.)

Как изменить имя последовательности?

“Project” →“Edit sequence list”, выделить последовательность → “Details”.

Как сохранить выравнивание?

"File"→"Save As" и сохранение автоматически в MSF формате; расширение файла: .msf
”File”→“Export” позволяет сохранить все (или некоторые) последовательности в FASTA или др. формате (знаки “–“ при этом не удаляются, т.е. сохраняется выравнивание).

Как открыть последовательности?

"File"→"Open" служит только для открытия файлов в MSF формате.
Чтобы открыть файл в формате FASTA, сначала создайте новый проект: "File"→"New", а потом импортируйте в него файл в формате FASTA.

Раскраска выравнивания

Меню "Shade" позволяет менять способы раскраски.
“Shade” → “Clear all shading” служит для снятия любой раскраски.
Флажок “Enable Similarity Group” в меню “Shade” приводит к тому, что остатки из одной группы (см. следующий пункт) считаются совпадающими.
”Shade level” – во сколько цветов раскрашивать в зависимости от процента совпадающих букв в столбце (от 0 до 4-х). Проценты тоже можно менять (“Concerved percents”), это имеет смысл только для множественного выравнивания.
“Shade”→ “Conservation mode” откроет таблицу, которая позволяет выбрать желаемые цвета букв и цвет фона.

Как увидеть группы сходных аминокислот и изменить их?

“Project”→“Configure”→ “Score Tables”. Изменение матрицы в этом меню приводит к изменению групп.

Как не учитывать строку "Aligned" в раскраске последовательностей?

Сделайте т.н. “группу” и включите в нее только последовательности, а строку “Aligned” не включайте. Для этого: “Groups” → “Edit sequence groups” → “New group”, назовите ее и выберите цвет → выделите последовательности, “Add”, отметьте “Color sequence names” → “Ok”. После этого опять “Groups” → “Shade Group Configuration”.

Копирование выравнивания в рисунок

"Edit"→"Select Block To Copy". Выделяете блок. Можно <Ctrl+C> и вставить, например, в документ Word (<Ctrl+V>). Или "Edit"→"Copy Selected Blocks To" и выбираете формат сохранения.

Прочее

"Project"→"Configure" откроет таблицы параметров конфигурации. Здесь Вы найдете многое: максимальное число букв для названия последовательности, шрифт, показывать ли консенсус и многое другое.