Занятие 12.

В таблице найдите против своей фамилии номер варианта. В директории P:\y08\Term_3\Block_4\PurR лежат файлы, содержащие последовательности ДНК E.coli, находящейся перед генами, регулируемыми белком PurR (пуриновым репрессором). Имя файла соответствует номеру варианта. Разные варианты различаются длиной последовательностей и количеством "лишних" последовательностей (не содержащих искомого сигнала).

1. Пользуясь сервером MEME, найдите общий мотив в предложенных последовательностях (предполагаемый сигнал, узнаваемый белком PurR).

   Установите следующие параметры для MEME:

   • распределение количества встреч каждого мотива:"Zero or one per sequence"
   • максимальная и минимальная длина мотива: по 16 (ищем мотивы строго заданной длины)
   • число различных мотивов: 1
   В разделе "Optional" ничего не пишите.

   После нажатия кнопки "Start search" можно сразу пройти по гиперссылке на страницу, на которой после окончания счёта появятся гиперссылки на страницы с результатами.

   Вам нужна гиперссылка "MEME output as HTML". На открывшейся странице вам нужны: LOGO (сохраните его в PNG-формате), табличка с координатами сайтов и их P-value (сразу под LOGO), матрица PSSM.

   Отчёт в html-формате должен включать:

   • краткое описание процедуры (что делали, что получили)
   • LOGO
   • PSSM, приведённую к "человеческому виду". Это означает, что PSSM должна быть представлена в виде таблицы с обозначениями строк и столбцов (например, столбцы обозначены буквами A, C, G, T, а строки — номерами позиций мотива; можно и наоборот). Желателен дополнительный столбец (строка) с буквой, отвечающей множеству нуклеотидов, дающих положительный вклад в вес.
   • таблицу найденных мотивов (имя последовательности, + или –, координата первого нуклеотида)
   • исходные последовательности (в преформатированном виде, тэг <PRE>), в которых подчёркнуты (тэг <U>) найденные мотивы. Внимание! Если мотив найден на комплементарной последовательности (STRAND = –), то последовательность мотива, приведённая на странице MEME, будет тоже комплементарной участку исходной последовательности.
   
    
2. Сравните результаты с реальными сайтами узнавания PurR.

   Добавьте к отчёту пункт, в котором опишите, насколько хорошо MEME сработал в вашем случае: каковы чувствительность и специфичность, всегда ли координаты предсказанного сайта в точности указывают на реальный. При подсчёте чувствительности и специфичности реальный сайт считайте предсказанным верно, если он пересекается с предсказанием по 8 или более нуклеотидам.

   Напоминание: чувствительностью называется отношение числа правильных предсказаний к числу реальных сайтов, специфичностью — отношение числа правильных предсказаний к общему числу предсказаний (правильных и неправильных).