Занятие 3.

Срок выполнения заданий — 10 марта 2010 г.

  1. Укоренение в среднюю точку
  2. Укорените дерево, построенное при выполнении задания 7 предыдущего занятия методом neighbor-joining, в среднюю точку.

    Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной бережливости?

    Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?

    Воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:

    Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева и опишите его (в какую ветвь произошло укоренение, каковы отличия от правильного дерева, может быть ещё какие-то наблюдения).

  3. Использование аутгруппы
  4. Реконструируйте программой fprotpars укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве аутгруппы — белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).

    Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями белков протеобактерий последовательность белка из сенной палочки. Это удобнее всего сделать на kodomo-count командой

    seqret sw:xxxx_bacsu stdout >> sequences.fasta
    
    (вместо "xxxx" надо подставить мнемонику функции белков, по которым вы строили деревья, а вместо "sequences.fasta" — имя файла с невыровненными последовательностями, заранее скопированного в рабочую директорию).

    Затем надо построить выравнивание всех последовательностей, отредактировать имена (оставив только мнемонику видов) и результат подать на вход программе fprotpars. Полученное дерево лучше обработать программой retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера — тот, что программа retree присвоит листу BACSU (смотрите внимательно на монитор!).

    Вставьте в отчёт изображение (можно вместе с листом BACSU; но можно, прежде чем получать изображение дерева, отредактировать скобочную формулу вручную, убрав аутгруппу). Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).

  5. Бутстрэп
  6. Проведите бутстрэп-анализ филогении, используя программу fprotpars. Этапы работы: Приведите в отчёте (как преформатированный текст) дерево из выходного файла программы fconsense (не скобочную формулу, а дерево "нарисованное" ASCII-символами, с числами, означающими поддержку ветвей). Опишите свои наблюдения (в частности, улучшилась ли реконструкция филогении по сравнению с результатом fprotpars на исходном выравнивании?) Проанализируйте в выходном файле ветви, не получившие большинства (описаны в виде последовательностей точек и звёздочек). Есть ли среди них верные и какова их поддержка?