- Укоренение в среднюю точку
Укорените дерево, построенное при выполнении задания 7 предыдущего занятия
методом neighbor-joining, в среднюю точку.
Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной бережливости?
Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?
Воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:
- Скопируйте файл retree.exe с диска P в свою рабочую директорию.
- Скопируйте файл со скобочной формулой, выданный программой neighbor,
в файл с именем intree (именно так, без расширения!)
- Запустите retree (из командной строки Windows; например можно в Far manager
навести курсор на exe-файл и нажать <Enter>)
- Постарайтесь сами разобраться, как работать с программой retree.
Для этого внимательно читайте то, что появляется в окне.
Нужное вам действие — укоренение в среднюю точку ("Midpoint root the tree").
Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева и опишите его
(в какую ветвь произошло укоренение, каковы отличия от правильного дерева, может
быть ещё какие-то наблюдения).
- Использование аутгруппы
Реконструируйте программой fprotpars укоренённое дерево отобранных вами бактерий,
используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве аутгруппы
— белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).
Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями
белков протеобактерий последовательность белка из сенной палочки.
Это удобнее всего сделать на kodomo-count командой
seqret sw:xxxx_bacsu stdout >> sequences.fasta
(вместо "xxxx" надо подставить мнемонику функции белков, по которым вы строили деревья,
а вместо "sequences.fasta" — имя файла с невыровненными последовательностями,
заранее скопированного в рабочую директорию).
Затем надо построить выравнивание всех последовательностей, отредактировать имена
(оставив только мнемонику видов) и результат
подать на вход программе fprotpars. Полученное дерево лучше обработать программой
retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера —
тот, что программа retree присвоит листу BACSU (смотрите внимательно на монитор!).
Вставьте в отчёт изображение (можно вместе с листом BACSU;
но можно, прежде чем получать изображение дерева, отредактировать скобочную
формулу вручную, убрав аутгруппу). Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).
- Бутстрэп
Проведите бутстрэп-анализ филогении, используя программу fprotpars.
Этапы работы:
- Создайте 100 бутстрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий
программой fseqboot.
- Создайте по полученным репликам деревья программой fprotpars
(для этого просто подайте выходной файл программы fseqboot на вход
программе fprotpars).
- Создайте из полученных деревьев единое дерево по принципу
"расширенного большинства" (extended majority rule tree).
Для этого файл с деревьями, выданный программой fprotpars,
подайте на вход программе fconsense.
Приведите в отчёте (как преформатированный текст)
дерево из выходного файла программы fconsense (не скобочную формулу, а
дерево "нарисованное" ASCII-символами, с числами, означающими поддержку ветвей).
Опишите свои наблюдения (в частности, улучшилась ли реконструкция филогении по сравнению
с результатом fprotpars на исходном выравнивании?)
Проанализируйте в выходном файле ветви, не получившие
большинства (описаны в виде последовательностей точек и звёздочек).
Есть ли среди них верные и какова их поддержка?