Одной из непрятностей молекулярной филогенетики является необходимость рассматривать неукоренённые деревья. Эта необходимость диктуется двумя обстоятельствами:
1) Обратимость молекулярной эволюции (вероятность закрепления мутации I → V приблизительно равна вероятности закрепления мутации V → I);
2) Неравномерность накопления мутаций (бывает, что в одной из ветвей по какой-нибудь причине мутации начинают накапливаться медленнее или, наоборот, быстрее).
По этим причинам невозможно только по последовательностям (без привлечения дополнительной информации) восстановить обычное (укоренённое) дерево. Возможно лишь нарисовать картинку вроде приведённой (которая всё же сильно уменьшает число возможных вариантов хода эволюции).