Общий предок человека и курицы жил около 250 млн. лет назад. За это время в обеих линиях много раз происходили мутации во всех позициях гена. Но носители подавляющего числа мутаций давно вымерли: или потому, что мутация уменьшала их шансы выжить и оставить потомство, или по случайным причинам. Мы видим лишь те мутации, которые «закрепились», то есть в какой-то момент захватили всю популяцию.
Мы не можем, глядя только на последовательности двух белков, сказать, какова была предковая последовательность, и в какой из линий произошли мутации в тех позициях, где остатки двух белков различны.