Бутстрэп-анализ

• создаём из входного выравнивания 100 «бутстрэп-реплик»;

• для каждой из реплик строим по дереву;

• из 100 деревьев строим дерево по методу большинства («majority-rule tree»). Помимо того, что (как правило) возрастает качество реконструкции, есть возможность оценить достоверность каждой ветви по т.н. «бутстрэп-поддержке», то есть проценту деревьев, в которых встретилась данная ветвь.