Материалы к практикуму 10

Не забывайте, что в упражнениях 1–3 пользоваться надо не PDB-записью, а биологической единицей!

Как изобразить поверхность контакта

Для изображения части поверхности объекта, приходящейся на данное множество, в PyMOL используется команда show surface, <множество>. Проблема с поверхностью контакта двух частей объекта заключается в том, что эта поверхность не входит в поверхность объекта в целом и упомянутая команда её не покажет.

Поэтому надо действовать так: 1) создать командой create новый объект, включающий обе контактирующие части; 2) командой select с помощью оператора around определить зону контакта на одной из частей; 3) командой remove удалить из объекта другую часть; 4) командой show surface изобразить поверхность зоны контакта.

Для красоты командой

 set transparency, 0.5
можно сделать поверхность полупрозрачной. Можно также попробовать команду
 set surface_quality, 1
(или даже 2 вместо 1).

Как пользоваться сервисами PROTORP и CluD

В обоих случаях придётся загрузить собственный файл (Option 3 в PROTORP). Сервис PROTORP не должен вызвать затруднений; в качестве гидрофобной части интерфейса возьмите долю площади, приходящейся на неполярные атомы. В сервисе CluD выберите "Search clusters between chains" и укажите идентификаторы цепей. На страничке с результатом файл с расширением txt представляет собой таблицу атомов из гидрофобных кластеров. Далее, используя Excel (или Python или Perl ...), можно создать из этой таблицы скрипт для PyMOL, окрашивающий каждый атом гидрофобного кластера в нужный цвет. Напоминание: скрипт, содержащийся в файле script.pml, запускается командой
 @script.pml

Разумеется, для сервиса pDomains биологическая единица не нужна, достаточно ввести PDB-код и индентификатор цепи в записи PDB.