Материалы к практикуму 3

Как добыть файл с электронной плотностью

Зайдите на сайт EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) и найдите информацию о нужной записи PDB. На странице с этой информацией в разделе Download выберите "Maps" и закажите карту в формате по умолчанию (O и 2mFo-DFc). Скачанный файл необходимо разархивировать (хотя бы gunzip на kodomo, но, например, Far manager в компьютерном классе тоже это умеет), прежде чем загружать в PyMOL.

Файл для первого упражнения (2b5a.omap) лежит на диске P.

Как работать с электронной плотностью в PyMOL

Загрузите PDB-файл, а затем, той же командой load, файл с электронной плотностью. Единственная проблема, что при загрузке файлов, скажем, 1x01.pdb и 1x01.omap соответствующим объектам в PyMOL будет по умолчанию придано одно и то же имя "1x01", поэтому вторая загрузка "затрёт" первую. В связи с этим необходимо указывать команде load второй аргумент – имя объекта, например: 
 load 1x01.pdb, 1x01_coo
 load 1x01.omap, 1x01_map
Теперь можно визуализировать электронную плотность вокруг заданного ммножества командами isomesh или isodot, например: 
 isomesh new_map, 1x01_map, 1.5, resi 15-17, 2.5
Здесь "new_map" – имя нового объекта с изображением поверхности, "1x01_map" – имя объекта с электронной плотностью (то, которое вы задали при загрузке omap-файла), "1.5" – уровень (значение электронной плотности на изображаемой поверхности в электронах на Å3); далее идёт множество, электронную плотности вокруг которого вы хотите изобразить. Последний (необязательный) аргумент – так называемый "buffer". Если его не задать, то будет изображена электронная плотность в наименьшем параллелепипеде (со сторонами, параллельными координатным осям), в который помещаются центры атомов данного множества. Если же задать ему значение, скажем, 2.5, то этот параллелепипед будет расширен на 2.5 ангстрема в каждую сторону. Как правило, от умеренного расширения картинка становится вразумительнее. Команда isodot имеет точно такой же синтаксис.

Изображения можно красить командой color или посредством кнопочки C (в графическом окне справа от названия объекта) и уничтожать командой delete. Если вам не хватает предопределённых цветов (см., например, здесь), то можно воспользоваться командой set_color, например: 

 set_color mojcvet, [0.9, 0.8, 0.7]
(используется RGB-схема со значениями от 0 до 1), после чего новое название цвета (в данном случае "mojcvet") можно использовать в команде color.

Пожелание: в первом упражнении используйте isomesh, значение "buffer" не менее 1, цвета поверхностей уровня – жёлтый и белый. Во втором упражнении всё это, а также число поверхностей и их уровень – на ваш вкус; главное, чтобы было возможно лучше видно, как устроена электронная плотность.