Занятие 13.

1.  Определите классификацию доменов вашей записи PDB согласно SCOP. Для каждого домена приведите следующие сведения:
   • Положение в своей структуре (цепь, координаты). Если есть несколько идентичных доменов, приведите все.
   • Классификация по SCOP (класс, укладка, суперсемейство, семейство).
   • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе?
   • Сколько суперсемейств имеет данную укладку?
   Указание. Если в вашей структуре более трёх доменов, достаточно описать три любых. Если в вашей структуре всего один домен, дополнительно опишите два домена из другой структуры или структур (поищите среди PDB-записей, выданных предыдущему и следующему курсам).

    

2.  Для тех же цепей белка, для которых вы описали классификацию SCOP, определите классификацию доменов согласно CATH. Для каждого домена приведите следующие сведения:
   • Положение в своей структуре (цепь, координаты).
   • Классификация по CATH (вида "3.40.50.2300.49.1.1.1.4").
   • Названия класса, архитектуры, топологии, суперсемейства и семейства (если таковые есть).
   • Сколько семейств содержится в данном суперсемействе?
   • Сколько суперсемейств имеет данную топологию?
    
3.   Постарайтесь описать различия между CATH и SCOP в описании ваших доменов (если различий нет, то убедитесь в этом и укажите в отчёте).

   Например, если домены выделены по-разному, то как именно соотносятся два способа выделения доменов? Если какому-то домену SCOP более или менее однозначно отвечает домен CATH, то сравните их классификации. В частности, существует ли домен, который относится к тому же суперсемейству (или укладке) в SCOP, но не входит в то же суперсемейство (топологию) CATH (или наоборот)? Если да, то попытайтесь разобраться, почему.

    

4.  (повторение пройденного) Создайте выравнивание каких-нибудь двух доменов (не тех же самых, что в упражнении 2 занятия 11!) с одной укладкой по SCOP (или топологией по CATH), но из разных суперсемейств. Приведите картинку с совмещением и изложите свои впечатления.